siar

SIAR v4.2.4.XXXX

Analyse des isotopes stables dans R - package

N'UTILISEZ PAS CE FORFAIT SIAR !!!!

• IMPORTANT : SIAR est désormais disparu (mort, disparu, terminé).
  • Merci d'utiliser les packages SIBER pour la pose d'ellipses et de coques convexes.
  • Veuillez utiliser le package MixSIAR pour ajuster les modèles de mélange qui offre la dernière suite d'options pour inclure des covariables linéaires et des effets aléatoires hiérarchiques parmi d'autres nouveaux développements. Vous pouvez également utiliser le package simmr pour installer des versions simples ou allégées de modèles de mixage.

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Partage de sources à l'aide d'isotopes stables : faire face à trop de variations. PLoS UN, 5(3), e9672 . est-ce que je

Version 4.2.4.XXXXX

• SIAR est aujourd'hui disparu.
  • Merci d'utiliser les packages SIBER pour la pose d'ellipses et de coques convexes.
  • Veuillez utiliser le package MixSIAR pour ajuster les modèles de mélange qui offre la dernière suite d'options pour inclure des covariables linéaires et des effets aléatoires hiérarchiques parmi d'autres nouveaux développements. Vous pouvez également utiliser le package simmr pour installer des versions simples ou allégées de modèles de mixage.

Version 4.2.4

• ajoutez l'argument 'color.src' (avec 20 couleurs différentes définies par défaut) aux fonctions 'siarplotdatawrapper' et 'siarplotdata', tandis que l'utilisateur peut définir lui-même les couleurs des éléments source.
• modifié la sortie dans la fonction 'siarhdrs' de c("Low 95% hdr","High 95% hdr","mode","mean") à c("Mean", "SD", "2.5%", " 5%", "25%", "50%", "75%", "95%", "97,5%") par défaut.
• add Valeur de retour pour la fonction 'siarhdrs'.

Version 4.2.3 20 février 2018

• bogues de 4.2.2.9000 incorporés.
• bugs sur l'étiquetage des intervalles crédibles générés par siarproportionbysourceplot et siarproportionbygroupplot corrigés.

Version 4.2.2.9000 Correctif du 28 mars 2017

• la mise à jour du package spatstat a cassé siar. Ceci est remplacé par spatstat.utils dans un correctif sur la branche principale.

Corrections de la version 4.2.2 :

• bug dans l'appel à .C() pour le groupe unique de données de consommateur résultant du fait que la trame de données n'est pas automatiquement contrainte au double format. La coersion est maintenant as.double(as.matrix(some.data)). Cela répond à l' error: not a matrix

Corrections de la version 4.2.1 :

• bug dans les routines SIBER dans les distributions Linux sur appel à bayesm:rmultireg via siar:bayesMVN qui a été repéré par https://github.com/lsaravia
• L'argument main="my Awesome graph" de siardensityplot() fonctionne désormais.
• les largeurs de ligne dans tous les fichiers *.Rd sont désormais inférieures à la limite de 90 caractères pour la création de PDF.
• nettoyage de certaines instances d'appels à quartz() qui ne sont en aucun cas utilisées.

Installation de SIAR

Vous pouvez installer directement depuis GitHub si le package devtools est installé. Mais tu ne devrais vraiment pas. Ce package n'est plus supporté, ni encouragé, et il est seulement

	library( devtools )
	install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
	library( siar )

Tutoriels, aide et assistance

Il existe une gamme de documents disponibles pour démarrer avec SIAR avec des liens vers des fichiers d'exemple, des podcasts vidéo, des didacticiels, etc. disponibles sur http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar. php. Il existe également plus de fichiers et d'exemples sur https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries et je consoliderai ces différents fichiers dans ce dépôt git et/ou le site Web git qui l'accompagne à un moment donné dans le futur. Notez également que je travaille actuellement sur une mise à jour majeure de SIBER qui le verra supprimé du package SIAR à un moment donné https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox.

Remerciements

Merci à Natalie Cooper pour son aide avec les instructions d'installation de Github et ses conseils généraux sur Git !

Publications

Jackson, AL, Parnell, AC, Inger R. et Bearhop, S. 2011. Comparaison des largeurs de niches isotopiques entre et au sein des communautés : SIBER – Ellipses bayésiennes des isotopes stables dans R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602. est-ce que je

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Partage de sources à l'aide d'isotopes stables : faire face à trop de variations. PLoS UN, 5(3), e9672 . est-ce que je