intervene

Intervenir

un outil d'intersection et de visualisation de plusieurs ensembles de gènes ou de régions génomiques

Documentation

Une documentation détaillée est disponible sous différents formats : HTML | PDF | ePUB

Installation

Installation rapide avec Conda

conda install -c bioconda intervene

Cela installera toutes les dépendances et vous serez prêt à utiliser Intervene.

Installer en utilisant pip

Vous pouvez installer Intervene depuis PyPi en utilisant pip.

Installer depuis PyPi :

 pip install intervenir

Remarque : Si vous installez à l'aide de pip, assurez-vous d'installer les packages BEDTools et R répertoriés ci-dessous.

Intervene nécessite les modules Python et les packages R suivants :

• Python (=> 3.3 ) : https://www.python.org/
• BedTools (dernière version) : https://github.com/arq5x/bedtools2
• pybedtools (>= 0.7.9) : https://daler.github.io/pybedtools/
• Pandas (>= 0.16.0) : http://pandas.pydata.org/
• Seaborn (>= 0.7.1) : http://seaborn.pydata.org/
• R (>= 3,0) : https://www.r-project.org/
• Packages R incluant UpSetR (v1.4.0), corrplot

Installer BEDTools

Nous utilisons pybedtools, qui est un wrapper Python pour BEDTools. Ainsi, BEDTools doit être installé avant d’utiliser Intervene. Il est recommandé d'avoir une version la plus récente, mais si vous avez déjà installé une ancienne version, cela devrait aller.

Une installation rapide, si vous avez installé conda.

conda install -c bioconda bedtools

Veuillez lire les instructions sur https://github.com/arq5x/bedtools2 pour installer BEDTools, et assurez-vous qu'il se trouve sur votre chemin et que vous pouvez appeler bedtools à partir de n'importe quel répertoire.

Installer les packages R requis

Intervenir nécessite trois packages R, UpSetR , corrplot pour la visualisation et Cairo pour générer des figures vectorielles et bitmap de haute qualité.

install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))

Installer Intervenir à partir des sources

Vous pouvez installer une version de développement en utilisant git depuis GitHub ou Bitbucket.

Installer la version de développement depuis Bitbucket

Si git est installé, utilisez ceci :

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Installer la version de développement depuis GitHub

Si git est installé, utilisez ceci :

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Comment utiliser Intervenir

Une fois que vous avez installé Intervene, vous pouvez taper :

intervene --help

Cela affichera le message d'aide suivant.

usage: intervene < subcommand > [options]

positional arguments < subcommand > :
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program ' s version number and exit

pour voir l'aide pour les trois sous-commandes pairwise , venn et upset tapez :

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

Exécuter Intervenir sur les données de test

Pour exécuter Intervene à l’aide de données d’exemple, utilisez les commandes suivantes. Pour accéder aux données de test, assurez-vous d'avoir un accès sudo ou root .

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

Si vous avez installé Intervene localement à partir du code source, vous pourriez avoir des problèmes pour trouver les données de test. Vous pouvez télécharger les données de test ici https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data et pointer vers elles en utilisant -i au lieu de --test .

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed

Les trois commandes de test ci-dessus généreront les trois chiffres suivants (a, b et c).

Par défaut, vos résultats seront stockés dans le répertoire de travail actuel avec un dossier nommé Intervene_results . Si vous souhaitez sauvegarder les résultats dans un dossier spécifique, vous pouvez taper :

 intervenir bouleversé --test --output ~/path/to/your/folder

Application brillante interactive

L'application Intervene Shiny est disponible gratuitement sur https://asntech.shinyapps.io/intervene ou https://intervene.shinyapps.io/intervene

Le code source de l'application Shiny est disponible sur https://github.com/asntech/intervene-shiny

Soutien

Si vous avez des questions ou si vous avez trouvé un bug dans le programme, veuillez nous écrire à azez.khan[at]gmail.com

Cite-nous

Si vous utilisez Intervene, veuillez nous citer : Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7