lightdock
0.9.4
LightDock est un cadre d'accueil protéine-protéine, protéine-peptide et protéine-ADN basé sur l'algorithme Glowworm Swarm Optimization (GSO).
Le framework LightDock est très polyvalent, avec de nombreuses options qui peuvent être développées et optimisées par les utilisateurs : il peut accepter n'importe quelle fonction de notation définie par l'utilisateur, peut utiliser une minimisation locale sans gradient, la simulation peut être restreinte dès le début pour se concentrer sur régions d'interaction assignées par l'utilisateur, il prend en charge la retenue des résidus chez les partenaires récepteurs et ligands .
Le protocole LightDock et les mises à jour permettant d'utiliser les restrictions de résidus ont été publiés dans la revue Oxford Bioinformatics. Veuillez citer ces références si vous utilisez LightDock dans votre recherche :
LightDock : une nouvelle approche multi-échelle de l’amarrage protéine-protéine
Brian Jiménez-García, Jorge Roel-Touris, Miguel Romero-Durana, Miquel Vidal, Daniel Jiménez-González et Juan Fernández-Recio
Bioinformatique , volume 34, numéro 1, 1er janvier 2018, pages 49 à 55, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock devient axé sur l'information
Jorge Roel-Touris, Alexandre MJJ Bonvin, Brian Jiménez-García
Bioinformatique , btz642 ; est ce que je: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
Modélisation intégrative des assemblages de protéines associés aux membranes
Jorge Roel-Touris, Brian Jiménez-García & Alexandre MJJ Bonvin
Nat Commun 11 , 6210 (2020) ; est ce que je: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5
Le logiciel Lightdock est compatible et a été testé avec les systèmes d'exploitation suivants :
Microsoft Windows n'est pas officiellement pris en charge, même si de nombreuses parties du protocole peuvent s'exécuter. Veuillez l'utiliser à vos propres risques. Si vous souhaitez contribuer aux tests et au développement de LightDock pour Windows, veuillez nous contacter.
LightDock a les dépendances suivantes :
Les dépendances facultatives sont :
Le moyen le plus rapide d'installer LightDock est d'utiliser pip :
pip install lightdockPour le développement et l'extension du code LightDock, veuillez suivre ces instructions :
Clonez ce dépôt :
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.gitVeuillez vous assurer que les dépendances sont déjà installées (via pip, gestionnaire de packages, etc.) :
Il est recommandé de créer un environnement virtuel et de l'installer :
virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .Si vous n'utilisez pas pip ou setuptools pour le développement, il existe un script bash pour compiler toutes les extensions :
cd lightdock
./setup.sh Ajoutez les lignes suivantes à votre fichier ~/.bashrc , n'oubliez pas de changer /path/to/lightdock :
# LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOMEN'oubliez pas d'appliquer les modifications :
source ~ /.bashrcVous pouvez exécuter des tests LightDock :
cd lightdock
nosetestsLa documentation complète sur la façon d'exécuter le protocole LightDock ainsi que plusieurs didacticiels et cas d'utilisation sont disponibles sur https://lightdock.org/tutorials.
LightDock est en cours de développement actif et certains problèmes peuvent survenir ou vous pourriez avoir besoin d'une aide supplémentaire pour exécuter LightDock. Dans ces cas-là, il existe deux manières principales d’obtenir de l’aide :
LightDock est disponible sous licence GPLv3. Voir le document LICENCE pour plus de détails.
