kma

Keep Me Around ( kma ): Détection de rétention des intron

kma est un package R qui effectue une estimation et une détection de rétention des intron à l'aide de répliques biologiques et de rééchantillonnage. Le code mis à jour peut toujours être trouvé sur https://github.com/pachterlab/kma

Installation

Pour installer, assurez-vous d'abord que vous disposez des packages requis:

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

Vous pouvez ensuite installer le package à l'aide devtools :

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

En supposant que tout se passe bien, chargez kma :

 library("kma")

Tutoriel

Après son installation, veuillez consulter la vignette en R:

 vignette("kma")

Bogues et demandes de fonctionnalités

Veuillez les déposer sur github.

Travail futur

• Outils de traçage d'analyse exploratoire supplémentaire
• Fournir une analyse différentielle de l'utilisation des introns entre les conditions expérimentales
  • Nous avons actuellement quelques idées sur la façon de procéder et nous le mettrons probablement en œuvre bientôt
• Fournir une analyse des séries chronologiques

Auteurs

Le logiciel a été développé par Harold Pimentel. Des méthodes ont été développées avec Lior Pachter et John Conboy.

Outils open source connexes

Vous trouverez ci-dessous une liste d'outils connexes et en quoi ils diffèrent de kma .

Dexseq

Dexseq s'intéresse à l'utilisation différentielle entre les régions géniques. En conséquence, il ne détermine pas si une intron est "utilisée" (par rapport à l'expression de transripte), simplement qu'elle est "utilisée différentiellement".

Miso

MISO peut calculer le pourcentage intronique épissé en (PSI), bien qu'il nécessite actuellement une annotation modifiée de leur site Web. kma peut actuellement travailler avec n'importe quelle annotation, car l'annotation sera traitée pendant l'étape de prétraitement. De plus, le MISO ne fournit actuellement pas de support intégré pour les répétitions.