dimple
1.0.0
Pipeline de cristallographie macromoléculaire pour le raffinement et le dépistage du ligand.
Lample fait partie de la suite CCP4. Tout le travail est effectué par d'autres programmes de la suite, qui sont exécutés en dessous. Plus important encore, Refmac et Phaser . Vous devez donc installer CCP4.
Pour tester la dernière version de développement, clone ce référentiel et exécuter ./dimple/dimple .
Dimple est livré avec un petit utilitaire find-blobs . Si vous ne le compilez pas, la version de la suite CCP4 sera utilisée. La compilation nécessite une bibliothèque Clipper qui à son tour nécessite MMDB2 et LIBCCP4. Vous pouvez soit construire tout à partir de Source, soit utiliser Conda pour télécharger des binaires compilés avec GCC 4.8. Ce dernier peut être fait en installant MiniConda et en faisant:
conda install -c mw clipper
Que construire des troubles de finition lorsque sont les bibliothèques requises:
export CXXFLAGS="-D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0 -std=c++98" # for GCC 5
cmake -D CMAKE_PREFIX_PATH=$HOME/miniconda2 .
make
Pas besoin de faire l'installation - le binaire atterri dans le même répertoire que les scripts Python et la fossel utiliseront des programmes d'ici de préférence à ceux de $CCP4/bin .
Si cela ne fonctionne pas - voir les méthodes de contact ci-dessous.
Toute réflexion, commentaires ou commentaires est la bienvenue. Si cela ne fonctionne pas comme prévu ou ne fonctionne pas du tout - faites-nous savoir dès que possible. Utilisez le tracker du numéro ou envoyez un courriel à CCP4 Helpdesk ou envoyez un courriel à [email protected] ou.
Fabriqué dans une source de lumière en diamant et dans CCP4-Harwell.
