tIGAr

tigar

Une bibliothèque Python pour l'analyse isogeométrique (IGA) utilisant la fénines. L'article suivant décrit la conception de Tigar:

 @article{Kamensky2019,
title = "{tIGAr}: Automating isogeometric analysis with {FEniCS}",
journal = "Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering",
volume = "344",
pages = "477--498",
year = "2019",
issn = "0045-7825",
doi = "https://doi.org/10.1016/j.cma.2018.10.002",
author = "D. Kamensky and Y. Bazilevs"
}

Dépendances

• Toute utilisation significative nécessite la fédénique (version 2019.2) et ses dépendances.
• Scipy est requis. (SCIPY est déjà inclus dans les distributions de Docker de fénines.)
• L'utilisation du module NURBS nécessite Igakit.
• La compilation de la documentation de l'API nécessite un sphinx.
• Le programme le plus pratique pour visualiser les résultats est Paraview.

Installation

Installez toutes les dépendances, clonez le référentiel (ou téléchargez et extraire à partir d'une archive) et ajoutez le répertoire de niveau supérieur du référentiel (à savoir celui avec des sous-répertoires tIGAr , docs , etc.) sur la variable d'environnement PYTHONPATH , par exemple, par ajout

 export PYTHONPATH=/path/to/repository/: $PYTHONPATH

à votre fichier ~/.bashrc (et à source ). Pour (éventuellement) construire la documentation de l'API, modifiez le répertoire en docs et tapez make html . La documentation principale sera alors dans ./_build/html/index.html , qui peut être ouverte avec un navigateur Web.

Sur les grappes

Le moyen le plus pratique d'utiliser la fécon (et donc le Tigar) sur les grappes HPC est via la singularité. Une recette de singularité pour l'utilisation de Tigar est dans le fichier singularity-recipe.def . Certaines notes supplémentaires sont fournies dans les commentaires de ce fichier.

Problèmes d'installation courants

• petsc4py.PETSc.Mat object has no attribute PtAP : Cela est dû à une ancienne version de petsc4py . Essayez d'installer la dernière version via pip3 .
• ImportError: No module named dolfin : Cela se produit lors de la tentative d'utilisation python plutôt que python3 . FENICS 2018.1 et plus récents ne prennent plus en charge Python 2.
• Python.h: No such file or directory : cela nécessite d'installer les fichiers d'en-tête pour l'API Python C. Sur Ubuntu, ceux-ci peuvent être installés via sudo apt-get install python3-dev .
• ModuleNotFoundError: No module named 'scipy._lib.decorator' : essayez de réinstaller Scipy, ce qui peut être fait avec la commande pip3 install --force-reinstall scipy .
• Erreurs dues aux anciennes versions de la fédénique: exécutez dolfin-version dans un terminal pour vérifier votre version de la fénines. Notez en particulier que les PPA Ubuntu pour la version stable actuelle de la fécon L'installation via le gestionnaire de packages sur une ancienne version d'Ubuntu peut installer une ancienne version de la fénines.
• libgfortran.so.3 cannot be found , ou d'autres problèmes avec libgfortran lors de l'utilisation du conteneur de singularité: essayez d'ajouter apt-get -y install libgfortran3 dans la section %post dans le fichier singularity-recipe.def .