APPIAN

Appian

Table des matières

1. Introduction

2. Installation

3. Documentation
   3.1 Guide de l'utilisateur
   3.2 Guide du développeur

4. Publications

5. Obtenir de l'aide

6. À propos de nous

7. Termes et conditions

Introduction

Le pipeline Appian est implémenté dans Python à l'aide de la bibliothèque Nipype. Bien que le cœur du code soit écrit en Python, le pipeline peut utiliser des outils ou incorporer des modules écrits dans n'importe quel langage de programmation. La seule condition est que les outils doivent être capables d'être exécutés à partir d'une ligne de commande avec des entrées et des sorties bien définies. En ce sens, Appian est la langue agnostique.

Coût

Appian est 100% gratuit et open-source, mais en échange, nous apprécions grandement vos commentaires, qu'il s'agisse de rapports de bogues, de demandes de traction pour ajouter de nouvelles fonctionnalités, des questions sur notre liste de diffusion ou des suggestions sur la façon d'améliorer la documentation ou le code. Vous pouvez même nous envoyer un e-mail pour nous faire savoir sur quel type de projet vous travaillez!

Installation

APPIAN n'est actuellement disponible que via Docker. Docker est une plate-forme pour créer des conteneurs qui emballent un logiciel donné dans un système de fichiers complet qui contient tout ce dont il a besoin et garantit que le logiciel peut toujours être exécuté dans le même environnement. Cela signifie que toutes les dépendances requises par APPIAN sont dans son conteneur Docker (pas besoin de tâtonner pour essayer de compiler des bibliothèques obscures). Cependant, cela signifie également que vous devrez installer la singularité ou Docker avant de continuer. Ne vous inquiétez pas, c'est très facile (sauf peut-être pour Windows). Pour un guide sur la façon d'installer Docker sur Ubuntu, Debian, Mac, Windows ou un autre système d'exploitation, veuillez visiter ce lien a.

Le pipeline est implémenté dans Python à l'aide de la bibliothèque Nipype. Bien que le noyau soit codé dans Python, le pipeline peut utiliser des outils ou incorporer des modules écrits dans n'importe quel langage de programmation. La seule condition est que ces outils doivent être exécutés à partir d'une ligne de commande, avec des entrées et des sorties bien définies. En ce sens, APPIAN est la langue agnostique. Une fois Docker ou Singularité installé, exécutez simplement la ligne de commande suivante sur votre terminal:

docker pull tffunck/appian:latest

C'est tout, APPIAN est installé sur votre ordinateur.

Documentation

Développeurs

Pour ceux qui souhaitent étendre ou contribuer à Appian, veuillez consulter notre guide de développeur.

Utilisateurs

Pour plus d'informations, veuillez lire notre guide de l'utilisateur.

Développeurs

Pour ceux qui souhaitent étendre ou contribuer à Appian, veuillez consulter nos directives de contributeurs.

Publications

1. Funck T, Larcher K, Toussaint PJ, Evans AC, Thiel A (2018) Appian: Automated Pipeline for TEP Image Analysis. Neuroinforme avant . PMCID: PMC6178989, doi: 10.3389 / fninf.2018.00064

2. Appian Automated QC ( en préparation )

Obtenir de l'aide

Si vous êtes coincé ou ne savez pas comment commencer, veuillez envoyer un courrier à [email protected]:

À propos de nous

Thomas Funck, doctorant ([email protected])
Kevin Larcher, MSc Eng.
Paule-Joanne Toussaint, PhD

Termes et conditions

Copyright 2017 Thomas Funck, Kevin Larcher

L'autorisation est accordée gratuitement par la présente à toute personne qui obtient une copie de ce logiciel et des fichiers de documentation associés (le "logiciel"), pour traiter le logiciel sans restriction, y compris sans limiter les droits d'utilisation, de copier, de modifier, de fusionner , publier, distribuer, sous-licencier et / ou vendre des copies du logiciel, et pour permettre aux personnes à qui le logiciel est fourni pour le faire, sous réserve des conditions suivantes:

L'avis de droit d'auteur ci-dessus et le présent avis d'autorisation sont inclus dans toutes les copies ou des parties substantielles du logiciel.

Le logiciel est fourni "tel quel", sans garantie d'aucune sorte, express ou implicite, y compris, mais sans s'y limiter, les garanties de qualité marchande, d'adéquation à un usage particulier et de non-contrefaçon. En aucun cas, les auteurs ou les titulaires de droits d'auteur ne seront pas responsables de toute réclamation, dommage ou autre responsabilité, que ce soit dans une action de contrat, de délit ou autre, découlant de, hors du logiciel ou de l'utilisation ou d'autres transactions dans le LOGICIEL.