bsub

Soumisseur et moniteur du cluster LSF

Il envoie des commandes R Code / R / R au cluster LSF sans quitter R.

Installer

Directement de Cran:

install.packages( " bsub " )

Ou de Github:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE ))
    install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " jokergoo/bsub " )

Documentation

La documentation en ligne est disponible sur https://jokergoo.github.io/bsub/.

Soumettre des emplois

Soumettre directement R Chunk:

library( bsub )

# R code
bsub_chunk( name = " example " , memory = 10 , hours = 10 , cores = 4 , 
{
    fit = NMF :: nmf( ... )
    # you better save `fit` into a permanent file
    saveRDS( fit , file = " /path/of/fit.rds " )
})

Soumettre un script R:

 # R script
bsub_script( name = " example " ,
    script = " /path/of/foo.R " , ... )

Soumettre les commandes de shell:

 # shell commands
bsub_cmd( name = " example " ,
    cmd = " samtools view ... " , ... )

Tuer des emplois:

bkill( job_id )

Dépendances

 job1 = bsub_chunk( ... )
job2 = bsub_chunk( ... )
bsub_chunk( ... , dependency = c( job1 , job2 ))

Voir les informations sur l'emploi

Voir les résumés d'emploi:

 bjobs
brecent
bjobs_running
bjobs_pending
bjobs_done
bjobs_exit

Un exemple des requêtes d'emploi est la suivante:

Afficher le journal des travaux:

job_log( job_id )

Moniteur d'emploi interactif

monitor()

Le tableau Résumé de l'emploi:

Journal des travaux:

Diagramme de dépendance au travail:

Licence

Mit @ zuguang gu