VARUS

Varus: dessiner divers échantillons à partir de bibliothèques RNA-Seq

Varus a été initialement écrit par Willy Bruhn comme une thèse de célibataire supervisée par Mario Stanke. Ce référentiel est une copie de https://github.com/willybruhn/varus réalisé en novembre 2018 et contient de nombreux bugfixes, une fonction de base de données intron incrémentielle et une extension pour l'utilisation de son programme d'alignement alternatif.

Varus automatise la sélection et le téléchargement d'un nombre limité de lectures d'ARN-Seq à partir de la séquence de NCBI Archive (SRA) ciblant une couverture suffisamment élevée pour de nombreux gènes à des fins de formation en gènes et d'annotation du génome. Chaque itération de l'algorithme en ligne

• Sélectionne une exécution à télécharger qui devrait compléter les lectures téléchargées précédemment
• Télécharge un échantillon de lectures ("lot") à partir de la course avec Fastq -dump
• Aligne les lectures avec Star ou Hisat
• évalue l'alignement

INSTALLATION

Linux

Invoquez la commande suivante de la ligne de commande afin de cloner le référentiel:

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

Varus dépend de

• Samtools,
• bamtools, installez sur Ubuntu avec sudo apt-get install bamtools libbamtools-dev
• fastq-dump et
• Star ou Hisat2 (testé avec Hisat 2, version 2.0.0-bêta)

Compiler varus manuellement avec

 cd Implementation
make

Désactiver le cache NCBI

Par défaut, l'outil NCBI fastq-dump crée des fichiers temporaires sous ~/ncbi de la même taille que le fichier d'exécution à partir du téléchargement des données, même si seule une petite partie est téléchargée. Désactiver ce comportement de mise en cache qui nécessite probablement trop d'espace de disque dur pour la plupart des utilisateurs avec

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

Commencer

Exemple

Changez vers example du répertoire et suivez les instructions dans l'exemple / réadme.

Running Varus

Copiez le fichier VARUSparameters.txt dans le dossier d'exemple à votre répertoire de travail et ajustez-le si nécessaire:

Paramètres les plus importants:

- BatchSize spécifie le nombre de lectures que les lectures doivent être téléchargées dans chaque itération (par exemple 50000 ou 200000)

--maxbatches spécifie combien de lots doivent être téléchargés au maximum

La sortie finale est un fichier d'alignement épissé trié (tous les lots ensemble) appelée varus.bam .

Références

Veuillez citer: Varus: l'échantillonnage des lectures d'ARN complémentaires de la séquence Read Archive. 2019; BMC Bioinformatics , 20: 558

Varus à PAG2019

Thèse de baccalauréat

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