SIQ

Siq

L'interrogation et la qualification de séquence sont là pour effectuer une analyse sur les données de séquençage ciblées. SIQ crée un profil de mutation qui peut être visualisé de manière interactive à l'aide de Siqplotter. Il est écrit en Java afin que toute personne disposant d'un ordinateur puisse utiliser ce programme pour analyser leurs séquences. Nous avons conçu et mis en œuvre cet outil pour quiconque sans fond en informatique pour pouvoir analyser les données NGS.

Pour un guide de l'utilisateur détaillé, veuillez télécharger et lire:

Guide de l'utilisateur

Et en plus, vous pouvez regarder les vidéo Turials que nous avons faites pour vous permettre d'exécuter facilement SIQ:

Tutoriels vidéo

Si vous avez regardé toutes les vidéos, avez lu l'intégralité du guide de l'utilisateur et que vous avez toujours des problèmes avec l'exécution de SIQ ou l'analyse de vos données, veuillez faire un problème ici ou nous envoyer un e-mail. Voir le papier SIQ pour les coordonnées.

Pour ceux qui préfèrent suivre davantage le Readme, nous avons inclus un bref guide de l'utilisateur ci-dessous:

Contenu

• Installation
• SIQ en cours d'exécution
• Analyse des données avec Siqplotter
• Dépannage
• Tutoriels vidéo

Installation

• Téléchargez le dernier fichier java .jar contenant siq de ce référentiel ici

Téléchargez le dernier fichier .jar à partir de ce référentiel. Vous pouvez double-cliquer et cela devrait fonctionner directement. La seule chose dont vous avez besoin est une version Java fonctionnelle (1,8 et plus). Veuillez vous assurer d'installer une version 64 bits de Java. Télécharger et installer Java ici

Remarque: La plupart des systèmes d'exploitation tels que MacOS et Windows se méfient de tout fichier provenant d'Internet. Pour macOS, veuillez maintenir 'Control' + Cliquez sur le fichier JAR pour l'ouvrir. Cette notification n'apparaît que la première fois.

SIQ en cours d'exécution

Lorsque SIQ est démarré, vous devriez voir l'écran suivant:

SIQ peut être utilisé pour analyser le type de données suivant:

• SANGER SECENCES (Fichiers .AB1) ( Remarque: Seules les séquences Sanger contenant une seule mutation peuvent être analysées )
• Données de séquence simple et appariée illumina (fichiers .fastq ou .fastq.gz)
• Data PacBio (.Fastq ou .fastq.gz)
• Data ONT (.fastq ou .fastq.gz fichiers) Remarque: Assurez-vous de vérifier l'option «Activer l'analyse à longue lecture (PacBio / ONT)»

Lorsque vous configurez vos expériences de séquençage ciblées, vous utilisez généralement deux amorces pour amplifier votre locus d'intérêt. De plus, vous avez (éventuellement) des sites cibles pour vos expériences. Ceci est par exemple le cas si vous utilisez CRISPR CAS9, CAS13, I-SCEI ou toute autre enzyme pour cibler l'ADN. Nous avons également utilisé SIQ pour analyser différents sites, tels que les sites de transposon, des sites de séquences G-quadruplex. SIQ utilise ces emplacements à 1) Essayez d'identifier les modifications de séquence de préférence à cet emplacement. 2) Pour vous assurer que vos amorces de PCR amplifiées à partir de l'emplacement attendu (voir les filtres ci-dessous).

SIQ a les possibilités de l'entrée suivante:

• R1 - Fichier de séquençage (requis)
• R2 - Fichier de séquençage final apparié. Si fourni SIQ fusionnera R1 et R2 en utilisant Flash (Facultatif)
• Référence - Fichier de référence contenant votre séquence d'ADN au format FASTA. Doit également contenir les séquences d'amorce si elles sont fournies. Gardez le fichier de référence petit car cela détermine l'exécution de SIQ (requis)
• Alias ​​- Votre exemple de nom (requis)
• Flank gauche - l'étirement d'ADN qui touche simplement votre site cible attendu. Voir ci-dessous pour un exemple graphique (requis, voir FLANKS)
• Flank droit - l'étirement d'ADN qui touche simplement votre site cible attendu. Voir ci-dessous pour un exemple graphique. Dans le cas par exemple Cas9 Nickases, cela peut désigner le deuxième site cible de l'AGNNA (requis)
• #Bases Past Primer - Le nombre de bases que votre séquence se lit au moins doit passer l'amorce pour être inclus comme un événement réel. Ce filtre est là pour vous assurer que vos amorces ont été recuits sur le site cible de l'ADN (par défaut: 5, 0 désactive ce filtre)

Paramètres facultatifs:

• MAX LECTURES À ANALYZER - Le nombre maximum de lectures que vous voulez que Siq analyse par échantillon (0 est illimité)
• Prise en charge min - le nombre minimum Un événement doit être considéré comme faisant partie de la sortie de Siq (par défaut: 2)
• Erreur de base maximale - l'erreur maximale par base qui est autorisée dans une lecture à analyser (par défaut: 0,05)
• CPUS MAX - Le nombre maximum de CPU SIQ peut être utilisé à tout moment. Notez que SIQ utilise un maximum de 1 CPU par fichier (par défaut: tout)
• Distance de recherche de boîtes - La distance relative à la jonction de l'événement à inclure dans l'espace de recherche pour rechercher l'origine des insertions. A Tins est une insertion de modèles (par défaut: 100)

Siqplotter

Lorsque SIQ a terminé l'analyse de vos échantillons, il se traduira par un fichier Excel. Ce fichier Excel peut être téléchargé et directement visualisé par Siqplotter

Télécharger sur Siqplotter

Consultez le guide de l'utilisateur ou les didacticiels vidéo pour plus de détails sur la façon d'utiliser Siqplotter.

Dépannage

Siq ne commence pas

Le problème est probable que vous n'ayez pas (la version correcte de) Java installée. Assurez-vous de télécharger et d'installer la dernière version Java:

Télécharger Java

Siq ne commence toujours pas

Démarrer SIQ à partir d'un terminal (invite de commande dans Windows):

1. Démarrer un terminal
2. Accédez au répertoire où se trouve le fichier JAR SIQ (par exemple les téléchargements): cd Downloads
3. Démarrer SIQ (dans cet exemple, le fichier est siq_1.0.jar: java -jar SIQ_1.0.jar
4. Publier la sortie en tant que problème.

SIQ ne fonctionne pas sur des fichiers qui nécessitent une fusion de lectures par paire

Le flash de programme qui est requis pour votre système d'exploitation ne semble pas fonctionner. Lors du démarrage de SIQ, Flash est copié dans le répertoire dans lequel SIQ s'exécute. Il se peut que le programme ne fonctionne pas pour votre système d'exploitation. Veuillez vérifier la sortie des commands suivants pour voir si Flash fonctionne

1. Démarrer un terminal
2. Accédez au répertoire où se trouve le fichier JAR SIQ (par exemple les téléchargements): cd Downloads
3. Exécutez Flash comme celui-ci (Linux / MacOS)

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. Si la sortie est différente, veuillez publier la sortie en tant que problème. Voir le guide de l'utilisateur pour plus d'options

Tutoriels vidéo

Vidéo 1. Télécharger et installer Siq

Vidéo 2. Exécution de Siq sur vos données

Vidéo 3. Exécution de Siq avec une référence HDR pour détecter les modifications

Vidéo 4. Options avancées SIQ

Vidéo 5. Analyse des données à l'aide de Siqplotter