brainways

Voies cérébrales

Qu'est-ce que les voies cérébrales?

Brainways est un outil basé sur l'IA pour l'enregistrement automatisé, la quantification et la génération de réseaux d'activité à l'échelle du cerveau basés sur la fluorescence dans les tranches coronales.

Pourquoi les voies cérébrales?

L'enregistrement des tranches coronales, la quantification des cellules et l'analyse du contraste du cerveau entier entre les conditions expérimentales doivent être facilement accessibles à partir d'un seul logiciel, sans nécessiter une expérience de programmation. La personnalisation doit être facilitée en ayant un backend pythonique hautement flexible.

Commencer

Pour installer et exécuter les voies cérébrales, exécutez ce qui suit dans votre environnement Python:

pip install brainways
brainways ui

Suivez notre guide de démarrage pour plus de détails.

Comment ça marche

Brainways permet aux utilisateurs de s'inscrire, de quantifier et de fournir une analyse de contraste statistique en suivant plusieurs étapes simples:

1. Enregistrement rigide des tranches coronales à un atlas 3D.
2. Enregistrement non rigide des tranches coronales à un atlas 3D, pour tenir compte de la différence individuelle et des imperfections dans la procédure d'acquisition.
3. Détection de cellules (en utilisant Stardist).
4. Quantification du nombre de cellules par région cérébrale.
5. Analyse statistique:
   • Analyse du contraste ANOVA.
   • Analyse PLS (moindre carré).
   • Création de graphiques réseau.

Architecture

Brainways est mis en œuvre en trois modules. brainways.ui contient l'implémentation de GUI en tant que plugin Napari. brainways.ui utilise brainways comme backend. Toutes les fonctionnalités sont mises en œuvre dans le package Brainways. Cette séparation a été effectuée pour garantir que Brainways est un logiciel GUI-AGNOSTIQUE et peut être entièrement accessible et manipulé via du code Python pour permettre des scénarios d'utilisation complexes personnalisés. Le code qui a été utilisé pour former, évaluer et exécuter le modèle d'enregistrement automatique réside dans brainways-reg-model .

Statut de développement

Brainways est activement développé par Ben Kantor de Bartal Lab, Université de Tel Aviv, Israël. Nos sorties peuvent être trouvées ici.

Citation

Si vous utilisez des voies cérébrales, veuillez citer Kantor et Bartal (2023):

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}

Licence

Distribué sous les termes de la licence GNU GPL V3.0, "Brainways" est un logiciel gratuit et open source

Problèmes

Si vous rencontrez des problèmes, veuillez déposer un problème avec une description détaillée.