L'iPhone 6 exécute le système iOS 8, tandis que l'Apple 6s est équipé du système iOS 9. Par rapport à iOS 8, iOS 9 s'est amélioré en termes d'optimisation des performances, d'amélioration de la sécurité et de nouvelles fonctionnalités. Par exemple, iOS 9 introduit de nouvelles fonctionnalités telles que l'amélioration de la recherche Spotlight, l'application d'actualités et le mode faible consommation.
Grâce à l'utilisation de la puce A9 dans l'Apple 6s, la vitesse de traitement a été considérablement améliorée par rapport à la puce A8 de l'Apple 6, ce qui la rend plus fluide lors de l'exécution d'applications ou de jeux volumineux. Dans le même temps, Apple 6s prend en charge des fonctionnalités d'application plus modernes, telles que les fonctions tactiles 3D, qui offrent aux utilisateurs des méthodes plus interactives et des options de fonctionnement rapides.
Bien que les caméras arrière de l'iPhone 6 et de l'iPhone 6s aient toutes deux 12 millions de pixels, l'Apple 6s a été amélioré en termes de qualité d'enregistrement vidéo, de performances dans les environnements faiblement éclairés et d'algorithmes de traitement d'image. L'iPhone 6s prend en charge l'enregistrement vidéo 4K, tandis que l'iPhone 6 est limité à la vidéo HD 1080p. De plus, la fonction photos en direct de l'Apple 6s augmente également le plaisir et l'interactivité des photos.
Bien que l'Apple 6s ait été amélioré en termes de matériel, la capacité de sa batterie n'a pas été significativement augmentée en raison d'un processeur plus puissant et d'un écran de résolution plus élevée. Par conséquent, en utilisation quotidienne, la durée de vie de la batterie de l’Apple 6s peut être légèrement inférieure à celle de l’Apple 6. Cependant, Apple 6s prend en charge une technologie de charge plus rapide, ce qui peut réduire le temps d'attente de charge.
Apple 6s a également été amélioré en termes de sécurité, comme l'ajout de la fonction de reconnaissance d'empreintes digitales Touch ID (si l'appareil est équipé de cette fonction). Apple 6 prend également en charge Touch ID, mais en termes de fonctionnalités de sécurité et de technologies de cryptage plus récentes, Apple 6s présente certains avantages.