liger

LIGER (Inferensi Terkait Hubungan Eksperimental Genomik)

Downcode小编 Oktober 2024

LIGER (diinstal sebagai rliger) adalah paket yang kuat untuk mengintegrasikan dan menganalisis beberapa kumpulan data sel tunggal. Dikembangkan oleh laboratorium Macosko dan secara aktif dipelihara dan diperluas oleh laboratorium Welch, LIGER menggunakan faktorisasi matriks non-negatif integratif untuk mengidentifikasi faktor-faktor bersama dan spesifik kumpulan data di berbagai kumpulan data sel tunggal.

Selidiki lebih dalam metode dan analisis dalam makalah Sel kami. Akses data yang digunakan dalam analisis SN dan BNST kami melalui studi "SCP466" di Portal Sel Tunggal.

Aplikasi LIGER

LIGER terbukti sangat berguna untuk membandingkan dan membedakan kumpulan data eksperimental dalam beragam konteks penelitian, termasuk:

1. Mengidentifikasi tipe sel yang digunakan bersama di beberapa eksperimen: LIGER memungkinkan peneliti mengidentifikasi tipe sel yang umum di beberapa kumpulan data, bahkan ketika kumpulan data tersebut berasal dari kondisi atau platform eksperimen yang berbeda.

2. Mendeteksi perbedaan komposisi tipe sel: LIGER memfasilitasi perbandingan proporsi tipe sel di berbagai kondisi, memungkinkan peneliti mengidentifikasi perubahan komposisi seluler yang didorong oleh faktor-faktor seperti pengobatan atau tahap perkembangan.

3. Menganalisis ekspresi gen spesifik tipe sel: LIGER memungkinkan peneliti mempelajari pola ekspresi gen spesifik untuk tipe sel berbeda di berbagai kumpulan data, memberikan wawasan tentang mekanisme molekuler yang mendasari fungsi dan diferensiasi seluler.

4. Menyelidiki interaksi sel-sel: LIGER dapat digunakan untuk mempelajari interaksi antara berbagai jenis sel di berbagai kumpulan data, memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang komunikasi seluler dan jalur pensinyalan.

Fungsionalitas LIGER

Setelah beberapa kumpulan data terintegrasi, LIGER menawarkan berbagai fungsi untuk eksplorasi, analisis, dan visualisasi data lebih lanjut. Pengguna dapat:

1. Lakukan reduksi dimensi: LIGER menyediakan alat untuk teknik reduksi dimensi seperti analisis komponen utama (PCA) dan t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) untuk memvisualisasikan data terintegrasi dan mengidentifikasi hubungan seluler yang mendasarinya.

2. Sel cluster: LIGER memfasilitasi pengelompokan sel berdasarkan kesamaan profil ekspresi gen, memungkinkan peneliti mengidentifikasi populasi sel yang berbeda dalam data terintegrasi.

3. Melakukan analisis ekspresi diferensial: LIGER memungkinkan pengguna mengidentifikasi gen yang diekspresikan secara berbeda antara tipe sel atau kondisi eksperimental yang berbeda, memberikan wawasan tentang mekanisme molekuler yang mendasari perbedaan seluler.

4. Visualisasikan data terintegrasi: LIGER menyediakan berbagai alat visualisasi, seperti peta panas dan plot sebar, untuk mengeksplorasi dan menyajikan data terintegrasi secara jelas dan informatif.

Interoperabilitas

LIGER dirancang untuk berintegrasi secara mulus dengan paket analisis sel tunggal populer seperti Seurat, memfasilitasi alur kerja yang lancar dan meningkatkan kemampuan analisis data.

Mengutip LIGER

Jika Anda menggunakan LIGER dalam penelitian Anda, harap mengutip makalah kami yang sesuai:

Joshua D. Welch dkk., Integrasi Multi-omik Sel Tunggal Membandingkan dan Membandingkan Fitur Identitas Sel Otak, Sel, VOLUME 177, EDISI 7, P1873-1887.E17 (2019), https://doi.org/10.1016 /j.cell.2019.05.006

Liu, J., Gao, C., Sodicoff, J. dkk. Mendefinisikan bersama-sama tipe sel dari beberapa kumpulan data sel tunggal menggunakan LIGER. Protokol Nat 15, 3632–3662 (2020), https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8

Gao, C., Liu, J., Kriebel, AR dkk. Integrasi multi-omik sel tunggal berulang menggunakan pembelajaran online. Nat Bioteknologi 39, 1000–1007 (2021), https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x

Kriebel, AR, Welch, JD UINMF melakukan integrasi mosaik kumpulan data multi-omik sel tunggal menggunakan faktorisasi matriks non-negatif. Nat Commun 13, 780 (2022), https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4

Umpan Balik dan Dukungan

Jangan ragu untuk membuka Masalah di repositori kami jika Anda memiliki pertanyaan, komentar, atau saran.

Penggunaan

Untuk contoh penggunaan mendetail dan panduan kasus penggunaan tertentu, lihat artikel kami di bawah ini:

[Tautan ke Artikel 1]

[Tautan ke Artikel 2]

[Tautan ke Pasal 3]

LIGER 2.0.0 dan seterusnya: Sejak versi 2.0.0, LIGER telah mengalami pembaruan signifikan untuk meningkatkan kegunaan dan interoperabilitas dengan paket lain. Pelajari tentang fitur-fitur baru yang menarik ini di sini: [Tautan ke Pengenalan Fitur Baru]

Tutorial LIGER 1.0.1: Jika Anda perlu mengakses tutorial untuk rliger versi sebelumnya (v1.0.1), silakan kunjungi arsip GitHub kami: [Tautan ke Arsip GitHub] Unduh file HTML yang dirender yang diinginkan dan buka di browser Anda.

Contoh Kumpulan Data

Paket rliger mencakup berbagai jenis kumpulan data mainan kecil untuk demonstrasi dasar fungsinya. Setelah melampirkan paket dalam sesi R, Anda dapat memuatnya menggunakan:

`R

data("pbmc")

data("pbmcPlot")

data("mmc")

`

Selain itu, kami menyediakan kumpulan kumpulan data dunia nyata yang dikurasi untuk demo yang lebih komprehensif, yang mencakup scRNAseq, scATACseq, transkriptomik spasial, dan data metilasi DNA. Kumpulan data ini dijelaskan secara menyeluruh dalam artikel yang memanfaatkannya.

Jangan ragu untuk menjelajahi kumpulan data ini melalui tautan yang tersedia di atas!

---

Konten ini memberikan gambaran komprehensif tentang LIGER, mencakup aplikasi, fungsi, interoperabilitas, dan penggunaannya. Downcodes小编 telah dengan cermat menyusun ulang dan menulis ulang teks aslinya, memastikan orisinalitas dan kejelasan. Dimasukkannya judul, poin-poin, dan tautan meningkatkan keterbacaan dan navigasi informasi ini bagi pengguna.