Server resmi Ninja Must Die 3 dan server saluran dapat dioperasikan. Pemain di server resmi dapat bermain dengan teman di server saluran. Namun, akun di server resmi tidak dapat masuk ke server saluran, dan akun di server saluran tidak dapat masuk masuk di server resmi. Meskipun gameplaynya dapat dioperasikan, Namun datanya masih relatif independen.
Dalam Ninja Must Die 3, ada lima protagonis di dalam game, dengan kemampuan dan atribut berbeda. Ninja memiliki dua sekolah yang berbeda. Sekolah yang berbeda memiliki ninjutsu independen dan pohon bakat yang sesuai dapat diubah selama pertempuran. Dua sekolah ninja yang sama bisa membawa harta yang sama, tapi senjata tidak bisa diwariskan.
Catatan untuk pemain Ninja Must Die 3.
Pemain harus memperhatikan saat memainkan Ninja Must Die 3. Senjata dalam game ini biasanya diperoleh melalui peti harta karun di mall, peti harta karun perak bisa mendapatkan senjata level N~R, dan peti harta karun emas bisa mendapatkan senjata level R~SSR. Selain itu, pemain juga bisa mendapatkan senjata melalui beberapa aktivitas. Senjata dapat dipecah menjadi tulang, dan pemain dapat menukar tulang dengan kunci pas, senjata tingkat SR/SSR, palu yang ditingkatkan, dan alat peraga lainnya di toko tertentu.