nextflow
ersion
ヘンリ・E・バル、ジェニファー・G・シュタイナー、アンドリュー・S・タネンバウム
Nextflow は、スケーラブルで移植性があり、再現可能なワークフローを作成するためのワークフロー システムです。これはデータフロー プログラミング モデルに基づいており、並列および分散パイプラインの作成が大幅に簡素化され、データと計算のフローに集中できるようになります。 Nextflow は、ローカル マシン、HPC スケジューラ、AWS Batch、Azure Batch、Google Cloud Batch、Kubernetes などのさまざまな実行プラットフォームにワークフローをデプロイできます。さらに、Conda、Spack、Docker、Podman、Singularity など、ソフトウェアの依存関係を管理するさまざまな方法をサポートしています。
単一のコマンドで Nextflow をインストールします。
カール -fsSL https://get.nextflow.io |バッシュ
現在のディレクトリにnextflow実行可能ファイルが作成されます。その後、これを$PATH内のディレクトリに移動して、どこからでも実行できます。
Nextflow は Bioconda からインストールすることもできます。
conda install -c bioconda nextflow
Nextflow ドキュメントは、最新の安定リリースとエッジ リリースで利用できます。
Nextflow コミュニティ フォーラムまたは Nextflow Slack に質問を投稿し、ヘルプを受けることができます。バグと機能リクエストは GitHub の問題として報告する必要があります。
Nextflow コミュニティは、定期的なコミュニティ ミーティング、イベント、ポッドキャストなどで非常に活発です。この資料の多くは、Nextflow および nf-core YouTube チャンネルでご覧いただけます。
nf-core プロジェクトは、誰もが使用できる高品質の Nextflow ワークフローを集約するコミュニティの取り組みです。
貢献は大歓迎です。詳細については、CONTRIBUTING ファイルを参照してください。
Nextflow は、Apache 2.0 ライセンスに基づいてリリースされます。ネクストフローは登録商標です。
仕事で Nextflow を使用する場合は、以下を引用してください。
P. ディ・トンマーソ 他Nextflow は、再現可能な計算ワークフローを可能にします。 Nature Biotechnology 35、316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820
Nextflow は、Groovy と GPars という 2 つの * 優れた * オープンソース ソフトウェア プロジェクトに基づいて構築されています。
YourKit は、フル機能の Java プロファイラーを備えた Nextflow を親切にもサポートしています。
