ライガー
rliger
LIGER (ゲノム実験関係の連鎖推論)
ダウンコード小编 2024 年 10 月
LIGER (rliger としてインストール) は、複数の単一セル データセットを統合および分析するための強力なパッケージです。 Macosko 研究室によって開発され、Welch 研究室によって積極的に保守および拡張されている LIGER は、統合的な非負行列因数分解を利用して、異なる単一セル データセット間で共有される因子とデータセット固有の因子の両方を識別します。
Cell の論文で手法と分析をさらに詳しく見てみましょう。 Single Cell Portal の研究「SCP466」を介して、SN および BNST 分析で使用されるデータにアクセスします。
ライガーのアプリケーション
LIGER は、次のようなさまざまな研究状況における実験データセットを比較および対比するのに特に有用であることが証明されています。
1. 複数の実験で共有される細胞タイプの特定: LIGER を使用すると、研究者は、データセットが異なる実験条件やプラットフォームからのものである場合でも、複数のデータセットにわたって共通の細胞タイプを特定できます。
2. 細胞型組成の違いの検出：LIGER は、さまざまな条件にわたる細胞型の割合の比較を容易にし、研究者が薬物治療や発育段階などの要因によって引き起こされる細胞組成の変化を特定できるようにします。
3. 細胞型特異的な遺伝子発現の分析: LIGER を使用すると、研究者は複数のデータセットにわたってさまざまな細胞型に特異的な遺伝子発現パターンを研究でき、細胞の機能と分化の根底にある分子機構についての洞察が得られます。
4. 細胞間相互作用の調査: LIGER を使用すると、複数のデータセットにわたる異なる細胞タイプ間の相互作用を調査でき、細胞通信およびシグナル伝達経路についてのより深い理解が得られます。
ライガーの機能
複数のデータセットが統合されると、LIGER はさらなるデータ探索、分析、視覚化のためのさまざまな機能を提供します。ユーザーは次のことができます。
1. 次元削減の実行: LIGER は、統合データを視覚化し、基礎となるセルラー関係を特定するための、主成分分析 (PCA) や t 分散確率的近傍埋め込み (t-SNE) などの次元削減技術用のツールを提供します。
2. クラスター細胞: LIGER は、遺伝子発現プロファイルの類似性に基づいて細胞のクラスター化を促進し、研究者が統合されたデータ内で異なる細胞集団を識別できるようにします。
3. 差次的発現解析を実行する: LIGER を使用すると、異なる細胞型または実験条件間で差次的に発現する遺伝子を同定でき、細胞の違いの根底にある分子機構についての洞察が得られます。
4. 統合データを視覚化する: LIGER は、明確かつ有益な方法で統合データを調査および表示するための、ヒートマップや散布図などのさまざまな視覚化ツールを提供します。
相互運用性
LIGER は、Seurat などの一般的な単一細胞分析パッケージとシームレスに統合するように設計されており、スムーズなワークフローを促進し、データ分析機能を強化します。
ライガーを引用
研究で LIGER を使用する場合は、それに応じて私たちの論文を引用してください。
Joshua D. Welch et al.、Single-Cell Multi-omic Integration Compares and Contrasts features of Brain Cell Identity、Cell、VOLUME 177、ISSUE 7、P1873-1887.E17 (2019)、https://doi.org/10.1016 /j.cell.2019.05.006
Liu, J.、Gao, C.、Sodicoff, J. 他LIGER を使用して、複数の単一セル データセットからセル タイプを共同定義します。 Nat Protoc 15、3632–3662 (2020)、https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8
Gao、C.、Liu、J.、Kriebel、AR 他。オンライン学習を使用した反復的な単一細胞マルチオミック統合。 Nat Biotechnol 39、1000–1007 (2021)、https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x
Kriebel、AR、Welch、JD UINMF は、非負の行列因数分解を使用して単一細胞マルチオミック データセットのモザイク統合を実行します。 Nat Commun 13、780 (2022)、https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4
フィードバックとサポート
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使用法
詳細な使用例と特定の使用例のガイド付きウォークスルーについては、以下の記事を参照してください。
[記事1へのリンク]
[記事2へのリンク]
[記事3へのリンク]
LIGER 2.0.0 以降: バージョン 2.0.0 以降、LIGER は大幅な更新を経て、使いやすさと他のパッケージとの相互運用性が強化されました。これらのエキサイティングな新機能については、こちらをご覧ください: [新機能の紹介へのリンク]
LIGER 1.0.1 チュートリアル: rliger の以前のバージョン (v1.0.1) のチュートリアルにアクセスする必要がある場合は、GitHub アーカイブにアクセスしてください: [GitHub アーカイブへのリンク] 必要なレンダリングされた HTML ファイルをダウンロードし、ブラウザーで開きます。
サンプルデータセット
rliger パッケージには、その機能の基本的なデモンストレーション用に、さまざまなタイプの小さなおもちゃのデータセットが含まれています。 R セッションにパッケージをアタッチした後、次を使用してパッケージをロードできます。
`R
データ("pbmc")
data("pbmcPlot")
データ("bmmc")
`
さらに、scRNAseq、scATACseq、空間トランスクリプトミクス、DNA メチル化データを含む、より包括的なデモ用に厳選された現実世界のデータセットのセットを提供します。これらのデータセットについては、それらを利用する記事で詳しく説明されています。
上記のリンクからこれらのデータセットを遠慮なく探索してください。
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このコンテンツでは、LIGER のアプリケーション、機能、相互運用性、および使用法を含む、LIGER の包括的な概要を説明します。 Downcodes小编は、オリジナルのテキストを細心の注意を払って再構成し、書き直して、オリジナリティと明瞭さを確保しました。見出し、箇条書き、リンクを含めることで、ユーザーにとってこの情報の読みやすさとナビゲーションのしやすさが向上します。
