ナパリの空間データ
0.5.3
このリポジトリには、SpatialData オブジェクトを対話的に探索し、注釈を付けるための napari プラグインが含まれています。ここで、napari-spatialdata のドキュメントを見つけることができます。 napari-spatialdata SpatialDataエコシステムの一部です。 SpatialData の詳細については、spatialdata のドキュメントを参照してください。
napari-spatialdata pip 経由でインストールできます。
pip install napari-spatialdata[all]
allコマンドは、qt バインディングPyQt5インストールします。
詳細については、インストール手順を参照してください。
プラグインをデフォルトの zarr リーダーとして使用したい場合は、napari でFile -> Preferences -> Pluginsに移動し、 File extension readersの指示に従ってください。
以下を使用して、Github からnapari-spatialdataインストールできます。
pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata
または、次の方法でリポジトリのクローンを作成した後、編集可能モードでインストールすることもできます。
git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .
注: napari-spatialdataの編集可能なインストールを実行すると、 spatialdata pipから再インストールされます。したがって、以前にspatialdataの編集可能なインストールも作成した場合は、 pip install -e . spatialdataリポジトリ上。詳細については、インストール手順を参照してください。
napari-spatialdataプラグインの使用方法については、ドキュメントを参照してください。 napari-spatialdata を分析ワークフローに統合する方法については、SpatialData チュートリアルを参照してください。特に：
napari を使用した関心領域への注釈付け
ランドマークのアノテーションを使用して複数のオミックス層を位置合わせする
貢献は大歓迎です。テストは tox を使用して実行できます。プル リクエストを送信する前に、カバレッジが少なくとも同じであることを確認してください。
BSD-3 ライセンスの条件に基づいて配布される「napari-spatialdata」は、無料のオープンソース ソフトウェアです
問題が発生した場合は、詳細な説明とともに問題を報告してください。
Marconato, L.、Palla, G.、山内、KA 他。 SpatialData: 空間オミクスのためのオープンでユニバーサルなデータ フレームワーク。 Nat メソッド (2024)。 https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x
