シリウス
SIRIUS
私たちのメソッドは、無料で利用できるリソースとして科学界に提供されています。メソッドの全部または一部を商業目的で（再）配布することは禁止されています。 Böcker グループがホストする SIRIUS Web サービス (CSI:FingerID、CANOPUS、MSNovelist など) は、学術研究および教育のみを目的としています。詳しくはアカデミック版の利用規約をご確認ください。学術機関以外のユーザーには、Bright Giant GmbH がライセンスとすべての関連サービスを提供します。私たちのツールのユーザーには、結果として得られる出版物で対応する論文を引用するようお願いします。
SIRIUS は、代謝産物やその他の「生物学的に重要な小分子」の LC-MS/MS データを分析するための Java ベースのソフトウェア フレームワークです。 SIRIUS は、CSI:FingerID (COSMIC を使用)、ZODIAC、CANOPUS などのツールのコレクションを統合します。特に、SIRIUS のグラフィカル ユーザー インターフェイスとコマンド ライン バージョンの両方が、CSI:FingerID、CANOPUS、および MSNovelist Web サービスをシームレスに統合します。
SIRIUS の主な開発者は Böcker グループと Bright Giant GmbH です。
オンラインドキュメント
ビデオチュートリアル
SIRIUS 4 の使用に関する本の章 (プレプリント) -- 新しい LC-MS/MS 処理オプションについては説明していません
デモデータ
出版物やプレゼンテーション用のロゴ
Windows（64ビット）の場合：msi / zip
Mac（64ビット）の場合：pkg / zip
Linux (64 ビット) の場合: zip
すべての (以前のリリースを含む) リリースはここで見つけることができます。
Windows および MacOS の場合は、SIRIUS のインストーラー バージョン (msi/pkg) を推奨しますが、管理者権限が必要な場合があります。
当社は Microsoft/Apple に認定料を支払っていないため、Böcker グループが提供するインストーラーを使用する場合、Windows/MacOS 上の「不明なソースからのソフトウェア」を信頼するかどうかを確認する必要がある場合があります。したがって、Bright Giant が提供する署名付きインストーラー (上記のリンクも参照) を使用することを強くお勧めします。これらのインストーラーは、それぞれの OS のセキュリティ問題を引き起こさない (または少ない) ため、インストール プロセスを容易にします。
詳細についてはドキュメントを参照してください。
ユーザー アカウントは、SIRIUS GUI から直接作成できます。所属機関の電子メール アドレスを使用してください。 SIRIUS Web サービスは、学術目的/非商業目的での使用は無料です。通常、学術機関は電子メール ドメインによって識別され、アクセスは自動的に許可されます。場合によっては、学術的/非営利的であることのさらなる検証が必要になる場合があります。 「SIRIUS ドキュメント – アカウントとライセンス」も参照してください。
シリウス
SIRIUS-API Java SDK
SIRIUS-API SDK
ニュース、ヘルプ、質問を入手するには、Gitter コミュニティ#sirius-ms:gitter.imに参加してください。
バグレポートや機能リクエストについては、GitHub の問題を使用してください。または、このトピックの詳細についてはドキュメントを確認してください。
断片化ツリーとスペクトルは、SIRIUS から CSI:FingerID、CANOPUS、および MSNovelist Web サービスに直接アップロードできます。結果は Web サービスから取得され、SIRIUS グラフィカル ユーザー インターフェイスに表示できます。この機能は、SIRIUS コマンドライン ツールでも利用できます。 CSI:FingerID の予測子のトレーニング構造は、CSI:FingerID Web API を通じて利用できます。
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructors?predictor=1 (正イオン モードのトレーニング構造)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructors?predictor=2 (マイナスイオンモードのトレーニング構造)
タンデム質量スペクトルの手動解釈は時間がかかり、簡単ではありません。 SIRIUS は断片化パターンを分析し、仮説的な断片化ツリーを作成します。ノードには断片の分子式が注釈され、アーク (エッジ) は断片化イベント (損失) を表します。 SIRIUS を使用すると、化合物の構造や質量スペクトル データベースを必要とせずに、元素組成を超えた小型化合物の MS データの自動化されたハイスループット分析が可能になります。
SIRIUS は、高分解能の質量スペクトルから同位体パターンをランク付けすることにより、小さな化合物の分子式を推定します。前処理後の質量分析計の出力は、サンプル分子の質量とその存在量に対応するピークのリストです。原理的には、小分子の元素組成は正確な質量のみを使用して特定できます。ただし、質量精度が非常に高い場合でも、多くの式は高質量領域で得られます。高分解能質量分析により、サンプル分子の同位体パターンを優れた精度で決定し、この情報をサンプル分子の元素組成の特定に適用することができます。 SIRIUS は、グラフィカル ユーザー インターフェイス (Sirius GUI を参照) またはコマンド ライン ツールとしてダウンロードできます。
カイ・デュールコップ、マルクス・フライシャウアー、マルクス・ルートヴィヒ、アレクサンダー・A・アクセノフ、アレクセイ・V・メルニク、マーヴィン・ミューゼル、ピーテル・C・ドーレスタイン、ユホ・ロウス、セバスティアン・ベッカー。 SIRIUS 4: タンデム質量スペクトルを代謝物の構造情報に変換します。ネイチャーメソッド16、299–302、2019。
マイケル・A・ストラヴスとカイ・デュールコップ、セバスチャン・ベッカーとニコラ・ザンボーニ。 MSNovelist: 質量スペクトルからの新規構造生成。 Nature Methods 19、865–870、2022. (MSNovelist を使用している場合は引用)
マーティン・A・ホフマン、ルイ＝フェリックス・ノティアス、マーカス・ルートヴィヒ、マルクス・フライシャウアー、エミリー・C・ジェントリー、マイケル・ウィッティング、ピーター・C・ドーレスタイン、カイ・デュールコップ、セバスチャン・ベッカー。スペクトル ライブラリに存在しない代謝産物の信頼性の高い構造アノテーション。 Nature Biotechnology 40、411–421、2022。 (使用している場合は引用: CSI:FingerID 、 COSMIC )
カイ・デュールコップ、ルイ＝フェリックス・ノティアス、マルクス・フライシャウアー、ラファエル・レーハー、マルクス・ルートヴィヒ、マーティン・A・ホフマン、ダニエル・ペトラス、ウィリアム・H・ガーウィック、ユホ・ロウス、ピーテル・C・ドーレスタイン、セバスティアン・ベッカー。高分解能フラグメンテーション質量スペクトルを使用した未知の代謝物の体系的な分類。 Nature Biotechnology 、2020. ( CANOPUS を使用している場合は引用)
ヤニック・ジャンブ・フナン、ローマン・アイズナー、クレイグ・ノックス、レオニード・チェペレフ、ジャンナ・ヘイスティングス、ギャレス・オーウェン、エオイン・フェイヒ、クリストフ・スタインベック、シャンカール・スブラマニアン、エヴァン・ボルトン、ラッセル・グライナー、デヴィッド・S・ウィシャート。 ClassyFire: 包括的で計算可能な分類法による自動化学分類。 Journal of Cheminformatics 8、61、2016。 ( ClassyFire出版物。CANOPUSを使用している場合はこれを引用してください)
マーカス・ルートヴィヒ、ルイ＝フェリックス・ノティアス、カイ・デュールコップ、イリーナ・ケスター、マルクス・フライシャウアー、マーティン・A・ホフマン、ダニエル・ペトラス、フェルナンド・バルガス、ムスタファ・モルシー、リヒニ・アルウィハーレ、ピーテル・C・ドーレスタイン、セバスティアン・ベッカー。 ZODIAC による Gibbs サンプリングを使用した、データベースに依存しない分子式のアノテーション。 Nature Machine Intelligence 2、629–641、2020。 ( ZODIAC を使用している場合は引用)
カイ・デュールコップとセバスチャン・ベッカー。断片化ツリーがリロードされました。 Journal of Cheminformatics 8、5、2016。 (断片化パターン分析と断片化ツリーの計算についてはこれを引用してください)
カイ・デュルコップ、シェン・フイビン、マービン・ミューゼル、ジュホ・ロウス、セバスティアン・ベッカー。 CSI:FingerID を使用したタンデム質量スペクトルによる分子構造データベースの検索。米国科学アカデミー紀要、USA 112(41)、12580-12585、2015。 ( CSI:FingerID を使用する場合はこれを引用してください)
セバスティアン・ベッカー、マティアス・C・レッツェル、ズザンナ・リプターク、アントン・ペルヴヒン。 SIRIUS: 代謝物同定のための同位体パターンの分解。 Bioinformatics 25(2), 218-224, 2009. (同位体パターン分析についてはこれを引用)
Shipei Xing、Sam Shen、Banghua Xu、Xiaoxiao Li、Tao Huan。バディ: ボトムアップ MS/MS 調査による分子式発見。 Nature Methods 20, 881–890, 2023. (使用している場合は引用: ボトムアップ分子式生成)
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シェン・フイビン、カイ・デュールコップ、セバスチャン・ベッカー、ジュホ・ロウス。断片化ツリー上の複数のカーネル学習による代謝物の同定。バイオインフォマティクス、30(12):i157-i164、2014。Proc.分子生物学のためのインテリジェント システムの博士号 (ISMB 2014)。 ( CSI:FingerID の背後にある機構を紹介します)
イムラン・ラウフ、フロリアン・ラッシュ、フランソワ・ニコラ、セバスチャン・ベッカー。実際に最大のカラフルなサブツリーを見つける。 J Comput Biol 、20(4):1-11、2013。 (詳細は、今日の計算が高速である理由に関する以前の研究)
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フロリアン・ラッシュ、アレシュ・スヴァトシュ、ラヴィ・クマール・マドゥーラ、クリストフ・ベッチャー、セバスティアン・ベッカー。タンデム質量分析データからの断片化ツリーの計算。分析化学(2011) 83 (4): 1243–1251。 (SIRIUS で使用されているフラグメンテーション ツリーの紹介についてはこれを引用してください)
セバスチャン・ベッカーとフロリアン・ラッシェ。タンデム質量スペクトルの解析による代謝物の新規同定に向けて。バイオインフォマティクス(2008) 24 (16): i49-i55。 (SIRIUS で使用される断片化ツリーについて言及した最初の論文)
バージョン 4.4.27 以降、SIRIUS は GNU Affero General Public License (GPL) に基づいてライセンスされています。 SIRIUS を他のソフトウェアに統合する場合は、SIRIUS の使用法および引用する文献をユーザーに対して透過的にすることを強くお勧めします。
