筋

Muscle は、生物学的配列の複数のアラインメントを作成するために広く使用されているソフトウェアです。

Muscle は、Balibase、Bralibase、Balifam ベンチマーク テストで最高スコアを達成し、市販のデスクトップ コンピューター上で数千の配列や構造に拡張できます。

Muscle は、デフォルト パラメータで得られるのと同じ高精度で代替アライメントのアンサンブルを生成することをサポートしています。樹木などのさまざまなアライメントからの下流の予測を比較することで、生物学者は、曖昧さやエラーによって引き起こされるアライメントの変動に対する結論の堅牢性を評価できます。

複数の構造の位置合わせ

従来のアミ​​ノ酸配列アライメントに加えて、構造アライメント（「Muscle-3D」）もサポートされています。構造アライメントの入力は、 reseek (https://github.com/rcedgar/reseek) のpdb2megaコマンドによって生成された「mega」ファイルです。

 # 最大 100 個の構造の場合
reseek -pdb2mega STRUCTS -output structs.mega
マッスル -align structs.mega -output structs.afa

# 最大 ~10,000 の構造
reseek -convert STRUCTS -bca structs.bca
reseek -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
reseek -distmx structs.bca -output structs.distmx
マッスル -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa

ダウンロードとインストール

バイナリ ファイルは自己完結型であり、依存関係はありません。インストールするには、バイナリをダウンロードし、実行ビットが設定されていることを確認します。

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

ドキュメント

マッスル v5 ホームページ
マニュアル

筋肉をソースから構築する

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

参考文献

Edgar RC.、Muscle5: 高精度のアライメントアンサンブルにより、配列相同性と系統発生の不偏評価が可能になります。ネイチャーコミュニケーションズ13.1 (2022): 6968。
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

エドガーRC。およびトルストイ I.、Muscle-3D: スケーラブルな複数のタンパク質構造アラインメント (2024) BioRxiv 。