イージーアンプリコン

イージーアンプリコン

中国語版 (中文版见) README_cn.md

EasyAmplicon: マイクロバイオーム研究におけるアンプリコン データ分析のための、使いやすく、オープンソース、再現性のある、コミュニティベースのパイプライン

バージョン：v1.21

更新日：2024/08/05

パイプラインのマニュアルとファイルの説明

RStudio を使用して、中国語 (pipeline.sh) および英語 (pipeline_en.sh) で利用可能なパイプラインを開く

ファイルの説明:

• Readme.md # 導入とインストール
• Pipeline.sh # Windows および Linux のコマンドライン分析 (中国語と英語で利用可能)
• Pipeline_mac.sh # MacOS のコマンドライン分析
• result/ # 結果データの例
• result/Diversity.Rmd # R でのインタラクティブな多様性分析と HTML 形式での再現可能なレポートの出力

何ができるでしょうか？

• マイクロバイオームデータ、特に 16S rDNA アンプリコンの分析と視覚化。
• 生データから特徴テーブルへ。
• 20 以上の分析方法と公開可能な視覚化をサポート。
• ラップトップでプロジェクトを短時間 (約 3 時間) で完了します。
• 中国語/英語のサポート資料マニュアルとビデオ。

図 1. ペアエンドアンプリコン配列を分析するための EasyAmplicon のパイプライン。

図 2. 出版品質のビジュアライゼーションの例。

図 3. 図 2 に対する出版品質の視覚化の補足例。

図 4. EasyAmplicon の中間ファイルを使用してサードパーティ ソフトウェアによって生成された視覚化。

インストール

依存関係のインストール

すべてのソフトウェアのバックアップは次の場所にあります。

• FTP: Filezilla が匿名で FTP download.nmdc.cn にアクセスします。 tools ディレクトリには、アンプリコン内のすべてのソフトウェアとパッケージ、および Mac、Win などをサポートするさまざまなシステムが含まれています。
• 百度ネットディスク：https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

お使いのシステム (Win/Mac/Linux) に応じて、依存関係のあるソフトウェアをインストールしてください。

• R スクリプト https://www.r-project.org/ を実行するには、R 4.xx が推奨されます。ソース コード パッケージ用に Rtools をインストールすることも推奨されます。
• RStudio 2023.xx.x は、R の統合開発環境です https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• STAMP v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• Git for Windows 2.xx.x (Windows のみ) http://gitforwindows.org/
• R パッケージのクイック インストール

統計と視覚化には 500 を超える R パッケージが必要になる場合があります。インストールには時間がかかり、他のコンパイル ツールに依存する場合もあります。必要なすべての R パッケージを https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip または db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip でダウンロードし、解凍して取得します。 C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library の4.xフォルダー

EasyAmplicon のインストール

• 方法 1. GitHub ホームページにアクセスし、コード -- ダウンロード

• EasyAmplicon パイプライン (ポジティブ コントロール) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• EasyMicrobiome にはスクリプトとデータベースが含まれています https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

プロジェクトを C: または D: にダウンロードして解凍します (ディレクトリ名はソフトウェア名と同じにしておきます)

• 方法 2. BaiduNetDisk のミラー サイトからダウンロード: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz または EasyMicrobiome.tar.gz

• 方法 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmpliconおよびgit clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome 。注: fatal: unable to accessは再試行できます。

クイックスタート

例として Windows 10 以降を使用すると、次のようになります。

1. RStudio を開き、ターミナルを Git Bash として設定します (ツール -- グローバル オプション -- ターミナル -- 新しいターミナル -- Git Bash -- OK)
2. ファイル -- ファイルを開く -- EasyAmpliconフォルダ -- Pipeline.sh (Windows/Linux) または Pipeline_mac.sh (Mac)
3. work directory (wd) とEasyMicrobiome directory (db) をセットアップし、右上隅の [実行] をクリックして各行を実行します。

データセットの例

• seq/ # zip 圧縮された fastq 形式の生のシーケンス。バックアップは GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/ からメタデータによってダウンロードできます。
• result/ # 標準パイプラインのデータと数値の例 (アルファ、ベータ、税金など)
• Advanced/ # 高度な分析の例、含まれるデータ、スクリプト、および出力図

よくある質問

Pipeline.sh のよくある質問

注: すべての .sh スクリプトはマークダウン形式で記述されており、読みやすさを向上させるために Youdao Note または VSCode を使用しています。

引用

このスクリプトを使用する場合は、以下を引用してください。

Yong-Xin Liu 、Lei Chen、Tengfei Ma、Xiaofang Li、Maosheng Zheng、Xin Zhou、Liang Chen、Xubo Qian、Jiao Xi、Hongye Lu、Huiluo Cao、Xiaoya Ma、Bian Bian、Pengfan Zhang、Jiqiu Wu、Ren-You Gan、Baolei Jia、Linyang Sun、Zhicheng Ju、Yunyun Gao、 Tao Wen 、 Tong Chen 。 2023. EasyAmplicon: マイクロバイオーム研究におけるアンプリコン データ分析のための、使いやすく、オープンソースで、再現性があり、コミュニティベースのパイプラインです。 iMeta 2: e83。 https://doi.org/10.1002/imt2.83

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