アーチR

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ArchR には、scATAC-seq 解析に利用できる新機能があります

scATAC-seq および scRNA-seq のペア解析

ArchR は、ペアの scATAC-seq および scRNA-seq 解析をサポートするようになりました。
importFeatureMatrix、addGeneExpressionMatrix、addIterativeLSI、addCombinedDims の更新を参照してください。
これらの機能の簡単なチュートリアル: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html

軌道解析

ArchR は、monocle3 と Slingshot ベースの軌道解析の両方を直接サポートするようになりました。
getMonocleTrajectories、addMonocleTrajectory、addSlingShotTrajectories の更新を参照してください。
これらの機能の簡単なチュートリアル: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html

さらに、ArchR では、STREAM と互換性のあるピーク マトリックスのエクスポートが可能になりました。
exportPeakMatrixForSTREAM の更新情報を確認する

ArchR は現在ベータ版であり、ピアレビュープロセスを通じて積極的に開発される予定です。

ArchR は、単一細胞 ATAC-seq データを処理および分析するためのフル機能の R パッケージです。 ArchR は、入手可能なソフトウェアの中で最も広範な scATAC-seq 解析ツール スイートを提供します。さらに、ArchR は速度とリソース使用量の両方で優れており、MacBook Pro ラップトップで 8 時間で 100 万個の細胞を分析することが可能です。

インストール手順と完全なドキュメントについては、www.ArchRProject.com を参照してください。

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ArchR のクイックインストール

インストールの完全な手順と、頻繁に関連する問題については、www.ArchRProject.com を参照してください。

まず、devtools (GitHub パッケージのインストール用) がまだインストールされていない場合はインストールします。

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )

次に、BiocManager (生体伝導体パッケージのインストール用) がまだインストールされていない場合はインストールします。

 if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )

次に、ArchR をインストールします。

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

最後に、デフォルトではインストールされない ArchR の依存関係をすべてインストールします。

library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()

これらの手順のいずれかが失敗した場合は、続行する前に問題のパッケージを特定し、個々のインストールのトラブルシューティングを行う必要があります。さらに、インストールのトラブルシューティングのヒントが掲載されている ArchR Web サイト (www.ArchRProject.com) を参照してください。

ArchR の使用に問題がありますか?

ArchR は現在ベータ版です。道には凹凸があることが予想されます。バグを見つけたと思われる場合は、まず ArchR の最新バージョンをインストールしてください。

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

これでも問題が解決しない場合は、Github のバグ レポートフォームを使用して問題を報告してください。

ArchR の使用法について質問がある場合は、検索可能な完全なユーザー マニュアル、FAQ セクション、および出版物を参照してください。この Web サイト上のドキュメントまたは関数の注釈が不明瞭であると思われる場合は、ドキュメント リクエストフォームを使用して Github に問題を送信してください。 ArchR に欠けていると思われる機能があり、すでにユーザー マニュアルを検索している場合は、機能リクエストフォームを使用して Github に問題を送信してください。これらのオプションのいずれも解決しない場合は、電子メールを送信してください。ドキュメントに記載されていない質問には、できる限りお答えいたします。