スリム
Version 4.3
SLiM は、集団遺伝シミュレーション用の強力なエンジンと、任意に複雑な進化シナリオをモデル化する機能を組み合わせた進化シミュレーション フレームワークです。シミュレーションは、統合された Eidos スクリプト言語を介して設定され、シミュレートされたシナリオのほぼすべての側面を対話的に制御できます。基礎となる個人ベースのシミュレーション エンジンは高度に最適化されており、大規模な集団における染色体全体のモデリングを可能にします。また、macOS、Linux、および Windows 上で SLiMgui と呼ばれるグラフィカル ユーザー インターフェイスを提供し、シミュレーションのセットアップ、インタラクティブなランタイム制御、およびシミュレーション出力の動的な視覚化を簡単に実行できます。
この GitHub リポジトリは、SLiM および SLiMgui のアップストリームの開発ヘッド バージョンをホストします。
SLiM および SLiMgui のリリースバージョンは、http://messerlab.org/slim/ で入手できます。
著作権 (c) 2016-2024 フィリップ メッサー。 無断転載を禁じます。
SLiM はフリー ソフトウェアです。Free Software Foundation が発行する GNU General Public License の条件 (バージョン 3 のライセンス、または (ユーザーの選択により) それ以降のバージョン) に基づいて再配布したり、変更したりすることができます。
SLiM は役立つことを期待して配布されていますが、いかなる保証もありません。商品性や特定目的への適合性についての暗黙の保証もありません。 詳細については、GNU 一般公衆利用許諾書を参照してください。
SLiM とともに GNU General Public License のコピーを受け取っているはずです。 そうでない場合は、http://www.gnu.org/licenses/ を参照してください。
SLiM は現在鋭意開発中であり、私たちの目標は、SLiM を可能な限り広く利用できるようにすることです。 フィードバックや機能リクエストがある場合、または SLiM への貢献に興味がある場合は、Philipp Messer ([email protected]) までご連絡ください。 Philipp では大学院生やポスドクも募集しています。
バイナリ パッケージ/インストーラーをお探しですか?
次のサブセクションでは、SLiM (および SLiMgui) を取得するためにどのような方法が利用できるかをまとめます。 ソースからのビルドもすべてのプラットフォームでのオプションです。次のセクションを参照してください。 SLiM マニュアルの第 2 章には、SLiM のインストールと構築に関する詳細が記載されています。 マニュアルおよびその他の SLiM リソースは、http://messerlab.org/slim/ にあります。
SLiM ホーム ページ (https://messerlab.org/slim/#Downloads) から macOS インストーラーをダウンロードしてダブルクリックします。 これにより、 slimおよびeidosコマンドライン ツール、および SLiMgui がインストールされます。
AUR をサポートするArch ベースのディストリビューションには互換性があるはずです。
https://aur.archlinux.org/packages/slim-simulator/
派生ディストリビューションは、これらのバイナリ パッケージとの互換性が保証されていません。オペレーティング システムのリポジトリを有効にします。ソース RPM パッケージを使用してシステム用にパッケージを再構築し、RPM ベースのディストリビューションに優れた統合を提供することもできます。
https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/bacarson/SLiM-Selection_on_Linked_Mutations/
dpkgの機能を使用したシェル スクリプトが利用可能です。 CMake インストール ターゲットを使用して、SLiMgui をデスクトップ環境と統合します。ソースからビルドする場合よりも、ビルドの依存関係をチェックし、 /tmpからビルド アーティファクトを自動的に削除するという利点があります。マニュアルの指示に従って、 curlを使用してスクリプトをソースします。
https://raw.githubusercontent.com/MesserLab/SLiM-Extras/master/installation/DebianUbuntuInstall.sh
MSYS2 がインストールされている場合は、 pacman -Syu実行してその情報を更新できます (詳細については、SLiM マニュアルを参照してください)。 その後、次のコマンドを使用して SLiM と SLiMgui をインストールできます。
pacman -S mingw-w64-x86_64-slim-simulator
SLiM マニュアルには、WSL2 での SLiM および SLiMgui の構築とインストールに関する詳細な手順が記載されています。
SLiM と SLiMgui の両方をソースからビルドできます。 これは、SLiM の最後にリリースされたバージョンではなく、最近の開発バージョンを実行したい場合に特に便利です。 さまざまなプラットフォーム上のソースからのビルドの詳細については、SLiM マニュアルの第 2 章を参照してください。
