このリポジトリは、選択した生物のすべての iModulon を計算して特徴付けるための計算ワークフローを提供します。これは 5 つのステップで行われます。
iModulon は、遺伝子発現データセットの独立成分分析 (ICA) を通じて計算される、独立して調節される遺伝子のグループです。 iModulons の詳細を確認したり、公開されている iModulons を探索するには、iModulonDB にアクセスするか、大腸菌、黄色ブドウ球菌、枯草菌に関する出版物を参照してください。
ここでは、生物のモジュロンの概念を紹介します。これは、公的に利用可能な RNA-seq データに基づいて生物について計算できるすべての iModulon のセットです。計算パイプラインは、枯草菌のモジュロームを計算するための段階的なワークフローを提供します。
必要なソフトウェアをすべて備えた事前構築済みの Docker コンテナが提供されています。
まず、Docker と Nextflow をインストールします。
conda environment.ymlファイルにリストされているすべての要件を使用して、各プログラムをローカルで実行することもできます。ステップ 5 (特性化された iModulons) では、pymodulon を追加でインストールします。
次の論文を引用してください: iModulonMiner および PyModulon: 遺伝子発現大要の教師なしマイニングのためのソフトウェア
