pbbam
Version 2.1.0
SMRTanalysis の 3.0 リリースの時点で、PacBio は、(整列および非整列の両方の) ベースコール データ ファイルに対して業界標準の BAM 形式を採用しています。また、BAM コンパニオン ファイル形式 (bam.pbi) も策定しました。これにより、より豊富な読み取りごとの情報への高速アクセスと、従来の cmp.h5 形式を中心に構築されたソフトウェアとの互換性が可能になります。
pbbamソフトウェア パッケージは、PacBio BAM ファイルおよび関連インデックスを作成、クエリ、編集するためのコンポーネントを提供します。これらのコンポーネントには、コア C++ ライブラリ、追加言語のバインディング、コマンド ライン ユーティリティが含まれます。
最新のpbbam 、 bioconda パッケージpbbam経由でインストールできます。
インストール、サポート、ライセンス、著作権、免責事項については、pbbioconda の公式ページを参照してください。
このライブラリは、汎用 BAM ユーティリティとして使用することを目的としていません。すべての入力および出力 BAM は、PacBio BAM 形式仕様に準拠する必要があります。 PacBio 以外の BAM では例外がスローされます。
ドキュメントホーム
変更履歴
pbbam はすべての BAM ファイルを検証し、この検証の一環として、提供された BAM ファイルのすべての ReadGroup 内のBindingKitとSequencingKit変数が既知であるかどうかをチェックします。現在進行中の化学開発の一環として、新しい試薬や SMRT セルを識別するために新しい部品番号を導入する必要がある場合があります。 SMRT Link を使用する場合、定期的にチェックして新しいケミストリーを自動的にインストールする自動アップデーターが統合されているため、このような問題が発生する可能性はほとんどありません。適切な SMRT リンクをインストールせずに使用されているすべての PacBio ツールでは、新しいケミストリーをダウンロードするために手動介入が必要になります。
cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "
wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xmlこれにより、 pbbam はSMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIRからアウトオブバンドchemistry.xmlをロードしようとし、ある程度新しい BAM で多少古いソフトウェアを使用できるようになります。注:これはpbbamの内部検証に合格することのみを許可し、他の化学に依存するソフトウェアが新しい化学で自動的に動作するようにするわけではありません。たとえば、Arrow のバックエンド (Unanimity) も化学に関してパラメータ化されており、完全に新しい化学が導入されると失敗します。 SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR使用して新しい化学反応のモデルをロードする方法については、Unanimity の FAQ を参照してください。
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