セル2tcr

Cell2TCR は、T 細胞受容体 (TCR) モチーフを推論するためのツールです。 TCR モチーフは、共通のエピトープを認識する可能性が高い、十分な配列類似性を持つ TCR のグループを表します。

はじめる

cell2tcr.ipynb の使用例を参照してください。

インストール

1. 新しい conda 環境を作成する

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. Github から Cell2TCR をインストールする

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. オプション: Jupyter ノートブックで使用するカーネルを追加します。

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

ヒトの SARS-CoV-2 攻撃により、局所的および全身的な反応ダイナミクスが明らかになりました

Nature に掲載 2024 年 6 月 19 日

リック・GH・リンデブーム*、ケイリー・B・ワーロック*、リサ・M・ドラトヴァ、吉田正博、デヴィッド・スコビー、ヘレン・R・ワグスタッフ、ローラ・リチャードソン、アンナ・ウィルブレイ＝クラーク、ジョセフィン・L・バーンズ、ロレンツ・クレッチマー、クシシュトフ・ポランスキー、ジェシカ・アレン＝ヒッティネン、プジャ・メータ、ディニティ・スマナウィラ、ジャクリーン・M・ボッカチーノ、ワラドン・スンナク、ラサ・エルメンタイト、ニー・ファン、リラ・ママノバ、ラケシュ・カプゲ、リアム・ボルト、エレナ・プリグモア、ベン・キリングリー、マリヤ・カリノバ、マリア・メイヤー、アリソン・ボイヤーズ、アレックス・マン、レオ・スワドリング、マクシミリアン・ニュージャージー・ウッドール、サミュエル・エリス、クレア M. スミス、ヴィトール H. テイシェイラ、サム M.ジェーンズ、レイチェル・C・チェンバース、ムズリファ・ハニファ、アンドリュー・キャッチポール、ロバート・ハイダーマン、マハダ・ヌルサデギ、ベニー・チェイン、アンドレアス・メイヤー、カースティン・B・マイヤー、クリストファー・チウ、マルコ・Z・ニコリッチ†、サラ・A・タイヒマン†