AAV

AAV

最終更新日: 2024 年 5 月 3 日

免責事項

このリポジトリは廃止され、今後メンテナンスされません

これは、PacBio のロングリード AAV シーケンス データを分析するための個人リポジトリでした。オープン ソース コードは現在、FormBio の LAAVA リポジトリで保守および開発されています。最新のコードベースを入手するには、LAAVA にアクセスしてください。ありがとう！

前提条件

• Python 3.7
• R

必要な Python ライブラリ:

• ピサム

必要な R パッケージ:

• ggplot2
• dplyr
• グリッド
• グリッドエクストラ

インストール

リポジトリを直接ダウンロード/クローンして、スクリプトを直接使用できます。

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

依存関係を独自にインストールすることも、次の conda ベースのオプションのいずれかを使用することもできます。

オプション 1: Conda を使用し、前提条件を個別にインストールする

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

オプション 2: yml で Conda を使用する

anaconda がインストールされており、バイナリが$HOME/anaCogentPy37/binにあるとします。バイナリを $PATH に追加し、 AAV.envという新しい conda 環境を作成します。

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

この時点で、プロンプトは(AAV.env) $に変わるはずです。

使用法

AAV チュートリアルをお読みください