NCBI で生物の利用可能なすべてのゲノムのメタデータを手動でダウンロードする方法

NCBI で生物の利用可能なすべてのゲノムのメタデータを手動でダウンロードするにはどうすればよいですか?

著者: アサド プロダン博士https://asadprodhan.github.io/

ステップ 1: NCBI データベースで微生物を検索する

• NCBI の Web サイトにアクセスします: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• 図 1 の赤い長方形のボックス内の Fusarium に示されているように、微生物を検索します。

• 検索結果はカテゴリごとに表示されます（図1）

• 図 1 の赤い六角形で示されている Genomes データベースをクリックします。

図 1: NCBI データベースで生物を検索します。

ステップ 2: 興味のあるメタデータを選択します

• 図2のようなものが表示されます。

• 図 2 の赤丸で示されている組み立てボックスにチェックを入れます

• 図 2 の赤い四角で示されている[列の選択]タブをクリックします。

図 2: 興味のあるメタデータを選択します。

• 興味のあるメタデータを選択して適用します (図 3)

図 3: 利用可能なメタデータ。

ステップ 3: メタデータをダウンロードする

• 図4の赤丸で示されている「ダウンロード」タブをクリックします。

• ドロップダウン メニューから [テーブルのダウンロード] を選択します。

• タブ区切り値 (TSV) 形式を選択します

• 「ダウンロード」をクリックします

図 4: メタデータをダウンロードします。

ステップ 3: TSV ファイルを Excel シートに変換する

• メタデータを含む TSV ファイルがダウンロードされます。

• 図5のようにTSVファイルをExcelで開くことができます。

図 5: メタデータ シート。

これで、利用可能なすべてのフザリウムのゲノム配列のメタデータを含む Excel シートが完成しました。

これらの情報を分類して、ダウンロードするアセンブリ番号をリストにまとめることができます。

ゲノム配列を自動的にダウンロードする方法については、このチュートリアルを参照してください。

https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically