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RAILIN

その他のソースコード

1.0.0

ダウンロード

RAILIN (整数線形計画法による共鳴割り当て)

導入

RAILIN は、核磁気共鳴周波数からのアミノ酸側鎖割り当てを自動化するための Python ツールキットです。この問題は線形割り当て問題として定式化でき、制約付き最適化手法によって解決できます。 RAILIN は、MAP (最大アポステリオリ) 分類アプローチを使用して、各スピン系の共鳴周波数が 21 個のアミノ酸の 1 つに対応する確率を推定します。事前知識はタンパク質の一次構造によって提供されます。このアミノ酸配列は、制約付き線形割り当て問題を定式化するために使用され、この問題は整数線形計画法を使用して解決されます。整数計画問題は、変数の一部またはすべてが整数に制限される数学的最適化または実現可能性プログラムです。多くの設定では、この用語は整数線形計画法 (ILP) を指し、目的関数と制約 (整数制約以外) が線形になります。

使用法

usage: railin.py [-h] [--reffile REFFILE] [-a ASSIGNMENTS] [-t TOLERANCE]
               [-s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}] [-v]
               resfile seqfile

positional arguments:
  resfile               Path to list of pseudo-residues in ASCII format.
  seqfile               Path to sequence file in FASTA format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reffile REFFILE     Path to BMRB reference shifts in ASCII format.
  -a ASSIGNMENTS, --assignments ASSIGNMENTS
                        Number of assignments to be computed (default: 100).
  -t TOLERANCE, --tolerance TOLERANCE
                        Linking Tolerance in ppm (default: 0.6).
  -s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}, --strategy {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}
                        Assignment strategy (default: CplexILP).
  -v, --verbose         Turn on verbosity option.

インストール

標準設置

依存関係

RAILIN は次のパッケージに依存します。

numpy -- 必須 (numpy.scipy.org)
scipy -- 必須 (scipy.org)
matplotlib -- 必須 (matplotlib.org)
networkx -- 必須 (networkx.github.io/)
IBM ILOG CPLEX Optimizer -- 必須 (cplex-optimizer)

上記のパッケージのいずれかがシステムにすでにインストールされているかどうかを確認するには、次のことを試してください。

$ python
>> > import numpy
>> > import scipy
>> > import matplotlib
>> > import networkx
>> > import cplex

ImportError は、パッケージがインストールされていないことを意味します。

UNIX 系システムに依存関係をインストールする

パッケージマネージャーを使用して、必要な Python パッケージをインストールします。たとえば、Debian/Ubuntu の場合:

$ sudo apt-get install python-numpy
$ sudo apt-get install python-scipy
$ sudo apt-get install python-matplotlib
$ sudo apt-get install python-networkx