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党派

Partis は、B 細胞および T 細胞受容体配列のアノテーション、シミュレーション、クローンファミリーと生殖系列推論、および親和性予測のための HMM ベースのフレームワークです。これは、ham HMM コンパイラーと Smith-Waterman アノテーション ツールの ig-sw セットの上に構築されています。 Partis は GPL v3 に基づくフリー ソフトウェアです。

さまざまなコンポーネントについては、次の文書で説明されています。これらはまったく異なることを行うため、使用しているコンポーネントについて説明している特定の論文を引用できることが最善です。

• ペア クラスタリング ラルフ、DK、およびマットセン IV、FA (2022)。重鎖/軽鎖ペアリング情報を使用した B 細胞クローンファミリーの推定。 PLoS 計算生物学、18(11)、e1010723。
• 選択指標 Ralph、DK、および Matsen IV、FA (2020)。 B 細胞受容体の系統構造を使用して親和性を予測します。 PLoS 計算生物学、16(11)、e1008391。
• 生殖系列推論 Ralph, DK、Matsen IV, FA (2019)。サンプルごとの免疫グロブリン生殖系列推定 [...]。 PLoS 計算生物学、15(7)、e1007133。
• クローン家族の推論、ラルフ、DK、およびマットセン IV、FA (2016)。 B 細胞クローンファミリーの尤度に基づく推論。 PLoS 計算生物学、12(10)、e1005086。
• HMM フレームワークと BCR アノテーション Ralph, DK、および Matsen IV, FA (2016)。 [...] の一貫性により、正確な B 細胞受容体配列のアノテーションが可能になります。 PLoS 計算生物学、12(1)、e1004409。

マニュアルを読み始めるのに最適な場所は、クイック スタートまたは目次です。ここに記載されていない多くのオプションの詳細は、各サブコマンドのヘルプ (たとえば、 partis cache-parameters --helpまたはpartis simulate --helpなど) を実行することで確認できます。

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