STRS

空間トータル RNA シーケンス: STRS

空間トータル RNA シーケンス (STRS) のための一連の分子および計算ワークフロー

このリポジトリには、ほぼすべてのサンプルで STRS を実行および分析するために必要なすべてのプロトコル、パイプライン、およびスクリプトが含まれています。

10x ライブラリ、特に STRS データセット用の進行中のパイプラインであるtxg_snakeチェックしてください。

原稿リンク:

• McKellar et al、 Nature Biotechnology 、2022

• bioRxiv プレプリント リンク

サブディレクトリの説明:

• manuscripts : プレプリントとその後の原稿の .pdf ファイル (できれば!)

• protocols : ここで使用されるプロトコルの Microsoft Word および .pdf ドキュメント

• pipelines : 研究で使用された Snakemake ワークフロー。これらには、STRS データ (kallisto、STARsolo、および miRge3.0)、小規模 RNAseq データ (STAR および miRge3.0)、SmartSeqTotal (kallisto)、および VASAdrop (kallisto) のアライメント パイプラインが含まれます。

• scripts : 使用した他のすべてのコード!主に、空間解析で使用される R スクリプトとユーティリティ関数が含まれています。

• references : この研究で使用された参照ゲノムおよび注釈に関する情報とスクリプト

• resources : データの分析に使用した各種メタデータ、遺伝子リスト、その他の情報詳細については、各サブディレクトリの README ファイルを参照してください。

この論文のために生成されたデータ:

• STRS データセット: GSE200481

• SkM/心臓小型RNAseqデータ：GSE200480

• 単核トータル RNAseq データ (C2C12 細胞株): GSE209780

分析された追加データ:

• Small RNA Atlas データ (Isakova et al、 PNAS 、2020): GSE119661

• SmartSeqTotal データ (Isakova et al、 PNAS 、2021): GSE151334

• VASAdrop データ (Salmen et al、 Nature Biotechnology 、2022): GSE176588

接触：

• イウィン・デ・ヴラミンク ([email protected])

• ベンジャミン D. コスグローブ ([email protected])

• デビッド W. マッケラー ([email protected])