omaat
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OpenMSI Arrayed Analysis Toolkit (OMAAT) は、質量分析イメージング (MSI) で空間的に定義されたサンプルを分析するための新しいソフトウェア パッケージです。以前は、研究者は手動でデータを調べるか、専門家のコンピューター アルゴリズムを利用して大規模な関心領域ベースの分析を行っていました。 Jupyter ノートブックを使用すると、プログラミング経験がなくても誰でも OMAAT に簡単にアクセスできるようになり、MSI データセット内の空間的に定義されたサンプルでのピーク検出とピーク積分を簡単に実行できるようになります。 OpenMSI と組み合わせることで、空間的に定義された MSI データを保存、共有、分析するための強力なプラットフォームが作成され、大規模な配列サンプル セットの分析における MSI の使用が促進されます。この新しい機能により、高スループット生体分子分析のモダリティとしてレーザー脱離イオン化質量分析イメージングの使用が大幅に可能になります。
OMAAT は Python モジュールとして記述されており、Anaconda Python ディストリビューションを使用して優先度がテストされています。テスト環境を正確に再現するには、こことここのディストリビューションとパッケージを参照してください。
Anaconda には、データ分析に役立つ多くの Python パッケージがバンドルされています。すでに Anaconda をお持ちの場合は、パッケージが最新であることを確認してください。 OMAAT には、Jupyter バージョン 4.1 以降と Python バージョン 2.7 以降または 3.2 以降が必要です。 https://www.continuum.io/downloads から入手可能な Python の Anaconda ディストリビューションを使用することをお勧めします。
基本の anaconda インストールに加えて、Python パッケージ「future」をインストールする必要があります。 anaconda では、これは conda パッケージ マネージャーを使用して行われます。
conda install future
このノートブックのウィジェットには widgetsnbextension パッケージが必要です。これは次の方法でインストールできます。
conda install widgetsnbextension
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
OMAAT コードは、次の方法でコマンド ラインから取得できます。
git clone https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools.git
または、ここからリポジトリの zip ファイルをダウンロードして解凍します: https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools/archive/master.zip
ターミナルからノートブックを起動するには、OMAAT コード ディレクトリに変更します。そしてタイプします
jupyter notebook
または、anaconda のグラフィカル ランチャー ツールを使用してノートブックを起動します。
Python パッケージは常に更新されています。 omaat の使用またはインストールに問題がある場合は、github にチケットを置いてお問い合わせください。
テストは Travis-CI を使用して実行されます。 omaat ディレクトリからのテストと同様の Python 環境を再現するには、次のコマンドを使用します。
>conda create -n omaat_python3 python=3.5 pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
# or
>conda create -n omaat_python2 python=2.7 future pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
>source activate omaat_python3
# or
>source activate omaat_python2
>python setup.py install
>pytest test/test_all.py
*Markus de Raad、Tristan de Rond、Oliver Rübe、Jay D. Keasling、Trent R. Northen、および Benjamin P. Bowen、「OpenMSI アレイ分析ツールキット: 質量分析イメージングを使用した空間的に定義されたサンプルの分析」 Anal. Chem.、2017、89 (11)、pp 5818–5823 DOI: 10.1021/acs.analchem.6b05004
MSI データを保存するためのデータ形式については、次の出版物で説明されています。
Oliver Rübel、Annette Greiner、Shreyas Cholia、Katherine Louie、E. Wes Bethel、Trent R. Northen、Benjamin P. Bowen、「OpenMSI: 質量分析イメージングのための高性能 Web ベース プラットフォーム」分析化学 2013 年 85 (21) )、10354-10361、DOI: 10.1021/ac402540a。 [BibTeX][ACS でオンライン]
ライセンス.txtを参照してください。
copyright.txt を参照してください。
