RagTag

ラグタグ

RagTag は、最新のゲノム アセンブリを足場にして改善するためのソフトウェア ツールのコレクションです。タスクには次のものが含まれます。

• 相同性に基づくミスアセンブリの修正
• 相同性ベースのアセンブリスキャフォールディングとパッチ適用
• 足場の結合

RagTag は、一般的なゲノム アセンブリ ファイル形式を操作するためのコマンド ライン ユーティリティも提供します。

はじめる

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

ドキュメント

詳細なドキュメントについては Wiki を参照してください。

依存関係

• Minimap2、Unimap、または Nucmer
• Python 3 (次の自動インストールされたパッケージを含む)
  • しこり
  • インターバルツリー
  • ピサム
  • ネットワークx

引用

• アロンジェ、マイケル、他「自動組み立て足場は、ハイスループットのゲノム編集のための新しいトマト システムを向上させます。」ゲノム生物学 (2022)。
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag は RaGOO に取って代わります:

• アロンジェ、マイケル、他「RaGOO: ドラフトゲノムの高速かつ正確なリファレンスガイドによる足場構築」ゲノム生物学 20.1 (2019): 1-17。
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

謝辞

RaGOO の最初のリリースと比較した主要なアルゴリズムの改善の多くは、MaSuRCA アセンブラの主任開発者である Aleksey Zimin によって提供されました。 Luca Venturini は、pysam 統合などの多くの機能拡張を提案し、最初に実装しました。 RagTag の「merge」は CAMSA からインスピレーションを受けました。 CAMSA の開発者である Sergey Aganezov は、関連する RagTag コードのレビューに協力しました。 RagTag の「パッチ」は、Melanie Kirsche によって作成された足場ツールである Graafter からインスピレーションを受けました。 Melanie は、RagTag の実装に関するガイダンスを提供しました。 Michael Schatz はプロジェクト全体に指導を提供しました。