meryl

メリル

これは「meryl」であり、プロジェクト kmer と Celera Assembler の両方に登場した「meryl」をほぼ完全に書き直したものです。

重要: このリポジトリから最新の Meryl コードを入手してください。これは、canu 1.8 以前で構築された古い Meryl データベースとは互換性がありません。新しいメリルは、以前のバージョンよりも大幅に高速になっています。

meryl db は.mcdatおよび.mcidxファイル形式ではなくなりました。 Meryl db は現在、64 バイナリ + 64 インデックス (128 ファイル) を含む DIRECTORY として設計されています。

依存

• gcc 10.2.0以降

インストール

• リリース バージョン: 安定したリリース バージョンをダウンロードします。

 # Linux-amd64wget の例 https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• 実験的なヒント (git 2.25.1 以降を使用):

 git clone https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH

k-mer などを使用してアセンブリを評価する

マーキュリーを参照してください。

メリルの引用

私たちは、さらに別の k-mer 計数用紙で世界を苦しめたくなかったので、merqury メソッドに meryl を詰め込みました。

Rhie, A.、Walenz, BP、Koren, S. 他Merqury: ゲノム アセンブリの参照フリーの品質、完全性、および段階的評価。 Genome Biol 21、245 (2020)。 https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9