fold_slice

折り畳むスライス

これは、Yi Jiang が X 線/電子タイコグラフィーおよび断層撮影/断層撮影用にカスタマイズしたコードです。

このパッケージは、スイスの Paul Scherrer Institut の Science IT およびコヒーレント X 線散乱 (CXS) グループによって開発された Matlab コードに基づいて構築されています: https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software。著作権およびライセンスの問題については、契約 (下記を参照) に従うか、Web サイトを参照してください。

始めましょう

1. PtychoShelves パッケージの要件を確認するには、その公式ドキュメントを確認してください。すべての機能を使用するには、次の Matlab ツールボックスが必要です: 並列計算、曲線近似、画像処理、最適化、および信号処理。

2. タイコグラフィーの場合は、/fold_slice/ptycho/examples にあるデータの準備と再構築のスクリプトを試して、データ形式と再構築パラメーターに慣れてください。

リソース

1. X 線および電子タイコグラフィーの AI アシスタントとして機能する、カスタマイズされたfoldliceGPT。実験の設計や再構築スクリプトの準備など、ユーザーのさまざまなタスクを支援します。
2. fold_slice は、新しい LLM ベースのワークフロー (PEAR) で使用できます。アルファテスターに​​なりたい方は、お気軽にご連絡ください。
3. /fold_slice/ptycho/notes/ 内のファイルは、コード全体の構造を理解するのに役立ちます。警告: 一部のメモは古くなっている可能性があります。
4. Chia-Hao Lee 博士は、PtychoShelves のアルゴリズムとコード構造を詳しく説明した素晴らしいブログを書きました。
5. 私たちは電子顕微鏡における新しいコンピューターイメージング技術について議論する研究グループを毎週開催しています。いくつかのチュートリアルの講義はここで見つけることができます。

PtychoShelves パッケージとの主な違い

1. 一部のデータと再構成 I/O 規則は、電子タイコグラフィーに対応するために変更されました。詳細については、サンプル スクリプトを参照してください。

2. 修正された最小二乗最尤マルチスライス タイコグラフィー アルゴリズムが新しいエンジンとして追加されました: GPU_MS

これは GPU エンジン (Michal Odstrcil によって作成) に基づいており、複数のプローブ モードやバグ修正などの改良が加えられています。コードの使用には追加の引用を含める必要があります。

Z. Chen、Y. Jiang、Y. Shao、ME Holtz、M. Odstrčil、M. Guizar-Sicairos、I. Hanke、S. Ganschow、DG Schlom、DA Muller、電子タイコグラフィーは格子振動によって設定される原子解像度の限界を達成。サイエンス 372 (6544)、826-831。

3. 私たちは、ガウス プロセスによるベイジアン最適化を使用して、タイコグラフィー用の自動パラメーター調整ワークフローを開発しました: https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5。詳細については、サンプル スクリプトを参照してください。

4. GPU および GPU_MS エンジンの新機能のリストはすべてではありません。

特徴	GPU	GPU_MS
混合状態 + マルチスライス タイコグラフィー	✖️	✔️
動的マルチスライス再構成	✖️	✔️
高度な任意パス フライスキャン タイコグラフィー	✔️	✖️
マルチスキャン再構成	✔️	✔️
オブジェクトフェーズでのテレビレギュラー化	✔️	✔️
グリッドアーティファクトの除去	✔️	✖️
パラメータの自動選択	✔️	✔️
ガウス カーネルを使用して検出器のぼやけを考慮する	✔️	✔️

その他のタイコグラフィー ソフトウェア

Matlab を所有していない場合、または他のタイコグラフィー ソフトウェアを検討したい場合。以下にいくつかのパブリックリポジトリを示します。

アドリム: https://github.com/mdw771/adorym

Ptycho_gui: https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui

プティコドゥス: https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus

PtychoNN: https://github.com/mcherukara/PtychoNN

Ptychopy: https://github.com/kyuepublic/ptychopy

Py4DSTEM: https://github.com/py4dstem/py4DSTEM

PyNX: http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/

タイク: https://github.com/tomography/tike

アカデミックライセンス契約

ソースコード

導入

このライセンス契約は、スイス CH-5232 Villigen-PSI にある PAUL SCHERRER INSTITUT (PSI) (以下「ライセンサー」) がお客様 (以下「ライセンサー」) にロイヤリティーフリーの非独占的なライセンスを付与する条件を規定しています。 cSAXS ptychography MATLAB パッケージ コンピューター ソフトウェア プログラムおよび本契約に基づいて提供される関連ドキュメントを使用するための学術的、非営利目的のみのライセンス (以下「ライセンス」) 「プログラム」）。

ライセンスの利用規約

1. ライセンサーは、以下に定める利用規約に基づき、以下に定めるようにこのライセンスが終了するまで、学術的、非商業的な目的でプログラムを使用するためのロイヤリティフリーの非独占的ライセンスをライセンシーに付与します。
2. ライセンシーは、プログラムがまだ開発段階にある研究ツールであることを認めます。 「プログラム」は、ライセンサーからの関連サービス、改善、または保証なしで提供され、他者が学術活動でプログラムを利用できるようにするためにライセンスが締結されます。その適切な使用と結果の正確性を保証するのはライセンシーの責任です。
3. プログラムは「現状のまま」提供され、商品性、特定目的への適合性、特許、著作権、商標その他の非侵害の保証を含むがこれらに限定されない、明示的か黙示的かを問わず、いかなる種類の保証も行われません。権利。いかなる場合においても、ライセンサー、作者、または著作権者は、プログラムまたはプログラムの使用、またはプログラムのその他の取引から生じる、直接的、間接的、結果的損害、またはその他の責任に対して責任を負わないものとします。プログラム。
4. ライセンシーは、プログラムおよびライセンシーが作成するプログラムの修正、改良、または派生物 (総称して「改良」) を学術的、非営利目的のみに使用し、プログラムまたはその派生物のコピーは配布のみに限定されることに同意します。プログラムと同じライセンスの下にあります。本契約で使用される「学術的、非営利的」という用語は、(a) 営利目的で行われない、または (b) 商業利用を目的とした作品、サービス、またはデータの作成を意図していない学術研究またはその他の学術研究を意味します。 、または (c) プログラムと同様の著作物の商業的使用、応用、または活用に携わる個人または団体によって実施されず、資金提供を受けていない。
5. ライセンシーは、プログラムの使用またはコードの別のコンピューティング言語への翻訳の結果として生じる出版物において、次の確認を行うことに同意します。 X 線散乱 (CXS) グループ、ポール シェラー研究所、スイス。」

さらに、パッケージを使用する出版物、またはコードを別のコンピューティング言語に翻訳する場合は、引用する必要があります。

(PtychoShelves 用) K. Wakonig、H.-C. Stadler、M. Odstrčil、EHR Tsai、A. Diaz、M. Holler、I. Usov、J. Raabe、A. Menzel、M. Guizar-Sicairos、PtychoShelves、タイコグラフィックの高性能分析のための汎用性の高い高レベル フレームワークデータ、Ｊ．Ａｐｐｌ．クリスタ。 53(2) (2020)。 (土井: 10.1107/S1600576720001776)

(差分マップ用) P. Thibault、M. Dierolf、A. Menzel、O. Bunk、C. David、F. Pfeiffer、高解像度走査 X 線回折顕微鏡、Science 321、379-382 (2008)。 (土井: 10.1126/science.11​​58573)。

（最尤の場合）P. Thibault および M. Guizar-Sicairos、コヒーレント回折イメージングのための最尤改良、New J. Phys. 14、063004 (2012)。 (土井: 10.1088/1367-2630/14/6/063004)。

(混合コヒーレント モードの場合) P. Thibault および A. Menzel、回折測定からの状態混合の再構築、Nature 494、68-71 (2013)。 (土井: 10.1038/nature11806)。

(および/またはマルチスライスの場合) EHR Tsai、I. Usov、A. Diaz、A. Menzel、M. Guizar-Sicairos、被写界深度を拡張した X 線タイコグラフィー、Opt.エクスプレス 24、29089-29108 (2016)。 (土井: 10.1364/OE.24.029089)。

6. 上記の承認を除き、ライセンシーは、事前の書面による承諾なしに、プログラムのタイトル、ライセンサーの名前やロゴ、その改作、従業員や研究室の名前を、広告、販売促進、または販売資料に使用してはなりません。それぞれの場合においてライセンサーから同意を取得します。
7. プログラムおよびそれに関連するマテリアルの著作権を含むすべての権利の所有権は常にライセンサーにあり、ライセンシーはそれを保持することに同意します。ライセンシーは、ライセンサーの事前の書面による同意がない限り、プログラムの一部または改善の一部を機械可読形式でプログラムの外で使用したり、内部使用を除きコピーを作成したりしないことに同意します。ライセンシーは、そのようなコピーに次の著作権表示を掲載することに同意します: @ All Rights Reserved.ポール・シェラー研究所、スイス、高分子およびバイオイメージング研究所、2017 年。
8. 本ライセンスは、本契約に特に規定されている場合を除き、黙示的またはその他によってライセンシーにいかなる権利も付与するものと解釈されないものとします。
9. 免責事項: ライセンシーは、英国シェフィールドの Phase Focus Limited がタイコグラフィーに関連する特許および出願中の国際ポートフォリオを保有していること、およびプログラムが 1 つまたは複数の特許請求の範囲内に該当する状況で使用できる可能性があることを認識するものとします。 Phase Focus の特許、特に国際出願番号 PCT/GB2005/001464 の特許。ライセンサーは、Phase Focus またはその他の第三者がプログラムの使用を理由にライセンシーに対して法的訴訟を起こす場合に備えて、ソフトウェアのユーザーを補償しないことを明示的に宣言します。
10. 本契約はスイスの重要法に準拠し、本契約またはプログラムの使用から生じるあらゆる紛争はスイスのチューリッヒの裁判所に提起されるものとします。