seurat wrappers

スーララッパー

SeuratWrappers は、コミュニティが提供する Seurat 用のメソッドと拡張機能のコレクションであり、NYGC の Satija Lab によってキュレーションされています。これらのメソッドは、現在 Seurat にはない機能を備えており、より頻繁に更新できます。

新しいメソッドを開発して SeuratWrappers に追加する際の支援とガイドラインについては、コントリビュート ガイドを参照してください。

個々のメソッドのビネットはdocs/ディレクトリにあります。GitHub で表示する場合は、標準のマークダウン ( *.md ) ファイルを参照することをお勧めします。

インストールはリモート経由で実行できます

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

メソッドリスト

パッケージ	ビネット	参照	ソース
モノクル3	Monocle 3 と Seurat を使用した軌道の計算	Cao et al、Nature 2019	https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
scVelo	Seurat と scVelo を使用した RNA 速度の推定	Bergen et al、bioRxiv 2019	https://scvelo.readthedocs.io
CoGAPS	Seurat オブジェクトで CoGAPS を実行する	Stein-O'Brien 他、Cell Systems 2019	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
グルムカ	Seurat オブジェクトでの GLM-PCA の実行	タウンズら、ゲノム生物学 2019	https://github.com/willtownes/glmpca
コノス	Conos を使用したデータセットの統合	Barkas 他、Nature Methods 2019	https://github.com/hms-dbmi/conos
ライガー	LIGER を使用した Seurat オブジェクトの統合	ウェルチら、Cell 2019	https://github.com/MacoskoLab/liger
速いMNN	Seurat オブジェクトでの fastMNN の実行	ネイチャー バイオテクノロジー 2018	https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
調和	Harmony を使用したデータセットの統合	Korsunsky 他、bioRxiv 2018	https://github.com/immunogenomics/harmony
アルラ	ALRA によるゼロ保存代入	リンダーマンら、bioRxiv 2018	https://github.com/KlugerLab/ALRA
速度	Seurat を使用した RNA 速度の推定	ラ・マンノら、Nature 2018	https://velocyto.org
シェクス	Seurat での schex の使用	フライターグ、R パッケージ 2019	https://github.com/SaskiaFreytag/schex
アレビン	アレビン カウントを Seurat にインポートする	スリバスタヴァら。 al.、ゲノム生物学 2019	https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
ネブローサ	Nebulosaによる遺伝子発現の可視化	ホセ・アルキシラ・ヘルナンデス氏とジョセフ・E・パウエル氏、審査中	https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
CIPR	ヒト PBMC データでの CIPR の使用	エキズらal.、BMC バイオインフォマティクス 2020	https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package
miQC	Seurat オブジェクトで miQC を実行する	ヒッペンら。 al.、bioRxiv 2021	https://github.com/greenelab/miQC
三輪車	Seurat オブジェクトの三輪車からestimate_cycle_positionを実行する	鄭ら。 al.、bioRxiv 2021	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html