emmaa

EMMAA

EMMAA は、自動分析を備えた機械管理モデルのエコシステムです。ユーザーが EMMAA を操作できる主な方法は、ここからアクセスできる EMMAA ダッシュボードを使用することです。

ドキュメント

EMMA の詳細なドキュメントについては、http://emmaa.readthedocs.io を参照してください。ドキュメントには 3 つの主要なセクションが含まれています。

• EMMAA のアーキテクチャとアプローチの概念的な説明
• EMMAA ダッシュボードの概要
• Github 上のソース コードに直接リンクされている、EMMAA のすべてのコード ベースのモジュール レベルのドキュメント

コンセプト

EMMAA の背後にある主なアイデアは、自動化された機械読み取り、知識の組み立て、モデル生成を使用して最新に保たれる一連の計算モデルを作成することです。各モデルは、一連の既知のメカニズムを通じて接続された、関連する概念の事前のネットワークから始まります。この一連のメカニズムは、毎日文献やその他の情報源を読み、新しい情報が既存のモデルにどのように関連しているかを判断し、新しい情報でモデルを更新することによって拡張されます。

モデルは自動分析にも使用でき、各モデルの範囲内にある関連クエリをモデル上の構造および動的分析手順に自動的にマッピングできます。これにより、分析結果に意味のある変化をもたらすモデルへの変更を認識し、報告することができます。

アプリケーション

EMMAA の主な応用分野は癌の分子生物学ですが、INDRA システムおよび INDRA と統合された読み取りシステムが処理できる他の領域にも応用できます。

インストール

ユーザーは主にダッシュボード経由で EMMAA と対話しますが、依存関係をインストールする必要はありません。

EMMAA の機能へのプログラムによるアクセスをローカルで設定するには、次の手順を実行します。

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

EMMAA の Docker 化バージョンは https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emaa で入手できます。

 docker pull labsyspharm/emmaa

資金調達

EMMAA の開発は、DARPA Automating Scientific Knowledge Extraction (ASKE) プログラムの下、HR00111990009 の助成金を受けて行われています。