iCount

iCount: タンパク質-RNA 相互作用解析

iCount は Python モジュールおよび関連するコマンドライン インターフェイス (CLI) であり、タンパク質と RNA の相互作用に関する iCLIP データを処理し、以下を生成するために必要なすべてのコマンドを提供します。

• 逆多重化されアダプターでトリミングされた FASTQ ファイル、

• マップされた iCLIP 読み取りを含む BAM ファイル、

• 特定されたタンパク質-RNA 架橋部位、BED ファイルに保存、

• 統計的に有意な架橋部位で構成されるピーク。BED ファイルに保存されます。

• BED ファイルに保存された重要な相互リンクされたサイトのクラスター、

• 個々の反復実験のグループ化、

• ゲノムランドマークに対する架橋部位の位置分布を示すRNAmap生成、

• kmer濃縮分析、

• そしてその他。

チュートリアルから始めることも、ドキュメントに飛び込むこともできます。

著者

iCount は、リュブリャナ大学コンピュータ情報科学部バイオインフォマティクス研究室の Tomaž Curk によって、Jernej Ule の研究室と協力して開発およびサポートされています。

開発は、Tomaž Curk と Gregor Rot が iCount の最初のプロトタイプを作成した 2008 年末に始まりました。それ以来、たくさんのことが起こりました。詳細と完全な謝辞については、ドキュメントの「引用方法」セクションを参照してください。

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