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igv.js

その他のソースコード

3.0.8

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igv.js

igv.js は、Integrative Genomics Viewer (IGV) チームによって開発された、埋め込み可能な対話型ゲノム視覚化コンポーネントです。

igv.js を引用

James T Robinson、Helga Thorvaldsdottir、Douglass Turner、Jill P Mesirov、igv.js: 統合ゲノミクスビューアー (IGV) の埋め込み可能な JavaScript 実装、バイオインフォマティクス、第 39 巻、第 1 号、2023 年 1 月、btac830、https://doi。 org/10.1093/バイオインフォマティクス/btac830

以下に例とクイックスタートガイドを示します。詳細については、開発者向けドキュメントを参照してください。

例

アライメント

インタラクション

コピー番号

複数の地域

突然変異アノテーション形式 (MAF)

バリエーション豊かなカラーオプション

もっと

クイックスタート

インストール

igv.js は、外部依存関係のない単一の JavaScript ファイルで構成されています。

スクリプトインクルード、AMD、または CJS モジュールシステム (igv.min.js) および ES6 モジュール (igv.esm.min.js) の事前構築済みファイルは、https://cdn.jsdelibr.net/npm/ からダウンロードできます。 [email protected]/dist/。

igv を ES6 モジュールとしてインポートするには

「https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js」から igv をインポートします

またはスクリプトとしてインクルードします (「igv」グローバルを定義します)。

あるいは、npm を使用してインストールすることもできます

npm install igv

そして、node_modules/igv/dist 内のモジュールシステムに適切なファイル (igv.min.js または igv.esm.min.js) を調達します。

使用法

igv.jsブラウザーを作成するには、コンテナー div と、参照ゲノム、初期トラック、およびその他の状態を定義する初期構成を関数igv.createBrowser(div, config)に提供します。

この関数は、ブラウザーの制御に使用できる igv.Browser オブジェクトの Promise を返します。たとえば、特定の軌跡で開かれた単一のアライメントトラックでブラウザを開くには、次のようにします。

      var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
      var options =
        {
            genome: "hg38",
            locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
            tracks: [
                {
                    "name": "HG00103",
                    "url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                    "indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
                    "format": "cram"
                }
            ]
        };

        igv.createBrowser(igvDiv, options)
                .then(function (browser) {
                    console.log("Created IGV browser");
                })

ドキュメント

igv.js API の完全なドキュメントは、https://igv.org/doc/igvjs/ で入手できます。

発達

要件

igv.js をビルドしてサンプルを実行するには、Linux または MacOS が必要です。他の Unix 環境もおそらく動作しますが、テストされていません。

Windows ユーザーは Linux 用 Windows サブシステムを使用できます。

建物

igv.js をビルドしてサンプルを実行するには、node.js が必要です。

git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git
cd igv.js
npm install
npm run build

これにより、次のファイルを含む dist フォルダーが作成されます

igv.js - スクリプトインクルード、AMD、または CJS モジュール用の UMDS ファイル。スクリプトインクルードは「igv」グローバルを定義します。
igv.min.js - igv.js の縮小バージョン
igv.esm.js -- ES6 モジュール
igv.esm.min.js -- igv.esm.js の縮小バージョン