Shenzhen_BGIC_0101_2013

ジェノヴォ

ジェノヴォワールドへようこそ。私たちはShenzhen_BGIC_0101_2013チームです。より見やすくするために、プロジェクト ページに進んでください。 :)

私たちがやっているのは、

• ネオクロ

Neochr モジュールは、ユーザーがさまざまな経路で関連する遺伝子を手動で取得し、遺伝子の関係を論理的に再配線*し、遺伝子をスコアの高いオルソログに置き換えることを支援します*。

• NucleoMod

NucleoMod は Neochr モジュールで生成された遺伝子の CDS 配列を変更するモジュールです。このモジュールには、CRISPR デザイン、酵素サイトの消去、酵素サイトの作成、コドン最適化、リピートスマッシュの 5 つのプラグインが含まれています。これらのプラグインはすべて、ユーザーが遺伝子を変更または最適化できるようにします。 NucleoMod の操作が完了したら、次のステップは SegmMan を使用して染色体の長さに応じて合成方法を設計します。

• セグマン

シンセサイザーまたは合成チップは、最大 3kb の DNA 配列を高精度で解析できますが、染色体はそれほど短くありません。 SegmMan はこの問題を解決できます。染色体を 30,000 のフラグメントに分割し、終了した酵素部位を解析した後、10,000 と 2,000 のフラグメントへのセグメント化を続行します。 10k および 2k レベルでは、ベクターの相同領域を追加し、酵素サイトを設計します。

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GUIDをインストールする

当社のソフトウェアは完全に GBrowse の次世代である JBrowse に基づいています。 JBrowse をインストールしている場合は、git をプルして使用するだけです。

JBrowse をインストールする

JBrowse をインストールするには、http://gmod.org/wiki/JBrowse にあるメインの JBrowse wiki を参照してください。

簡単な説明:

• ダウンロード ファイルを www ルート フォルダーに解凍します(/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)
• cd jbrowse
• ./install.sh # cpan で必要なすべての Perl パッケージをインストールします。すべてがうまくいけば、http://localhost/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/volvox を開くことができます

ソフトウェア要件

• パール5
• php5 (REST API およびバックエンドサーバー用)
• アパッチ
• Linux (Debian でテスト済み)
• git (バージョン管理プラグイン用)
• Biopython および UNAFoldt (チッププラグイン用)
• Blast+ (NucleoMod プラグイン用)
• Chrome, Firefox, and IE10 is recommand

許可要件

/etc/apache2/envvars を編集して Apache 権限を変更する必要があります

  export APACHE_RUN_USER=`whoami`
  export APACHE_RUN_GROUP=`whoami` 

そして

  sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
  sudo /etc/init.d/apache2 restart

Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json

Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin

Genovo をインストールする

plugins/、server/ を Jbrowse にコピーします。

NucleoModプラグインをインストールする

NucleoMod は Blast+ に依存しているため、Debian ベースのシステムを使用している場合: apt-get install ncbi-blast+

または、ftp: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/からインストールできます。

チッププラグインのインストール

UNAFoldt と Biopython を次からダウンロードしてインストールします。

• UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php

• Biopython: http://biopython.org/DIST/docs/install/installation.html

バージョン管理プラグインをインストールする

git is needed

他のプラグインは移植可能です

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Genovo サーバー側のチュートリアル

フォルダー構造:

 ./data/    
   |-NeoChr_5_add          # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
   |---01.whole2mega       # SegmMan plugin  data
   |---02.globalREmarkup   # SegmMan plugin  data
   |---03.mega2chunk2mini  # SegmMan plugin  data
   |---chip_data           # chip design
   |---names               # prefix for search
   |---seq                 # crc32 encode refsequence  name path
   |-----d7f
   |-------417
   |---------f1
   |---tracks             # track display in browser
   |-----gene             # track cluster
   |-------NeoChr         # Genome Name 
   |-----part
   |-------NeoChr
   |-----Transcript
   |-------NeoChr

 ./server/
   |-bin
   |---chip_new           # create new chip data 
   |-----ols-pool-generation-script
   |-------output-oligos-and-primers
   |---GetPrice           # fetch enzyme price
   |---segmentation       # SegmMod plugin 
   |-config               # plugins config data
   |---features            
   |---geneset
   |---globalREmarkup
   |---markers
   |---Optimize
   |-doc                    # document about plugins
   |-lib                    # library used
   |-pathway                # pathway data used 
   |-REST                   # end-side REST implement
   |-------chip
   |-------features
   |-------modify
   |-------Segmentation
   |-------stats
   |---config
   |-rewire

REST API

 base_url = server/REST/index.php

# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end   
POST base_url/features/delete

# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)

# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav

# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&

# add loxp, centremele, ARS and so on
POST	/modify/Add

#  SegmMod plugin 
POST 	/Segmentation/globalREmarkup
	        /Segmentation/mega2chunk2mini
	        /Segmentation/whole2mega
GET  	/Segmentation/info
	
# Nucleo plugin
POST     /NucleoMod

# chip plugin
POST	/chip/chip

GET 	/stats/config 

# for get downloadable data information
GET /data/info

さらに、サーバー側の実装は柔軟です。ユーザーは電力使用量のサーバー側データを構成できます。

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メダルの要件

＃＃銅メダル

• 1 チームを登録して、楽しい夏を過ごし、ジャンボリーに参加しましょう
• 2 iGEM wiki を介してチームのプロジェクトの説明を作成し、共有します。
• プロジェクトの概要
• 3 iGEM ジャンボリーでポスターを発表し、講演します。
• 4 BioBrick の標準生物学的部品に基づいて合成生物学をサポートするオープンソース ソフトウェア ツールを開発し、ソフトウェア ツールのレジストリを通じて利用可能にする
  • Github にある当社のソフトウェア

注: 私たちの巨大なソフトウェアは、合成された DNA 断片に基づいてデバイスレベルの Biobrick を動作させることを目的としています。ただし、バイオブリック レベルの場合、2 番目のモジュールは、CDS 内の EcorI、XbaI、SpeI、PstI、Not I の削除、コドン最適化、リピートスマッシュなどの遺伝子設計を支援することもできます。

銀メダル

• 1.A ソフトウェア ツールの次のバージョンの詳細な草案仕様を提供します。

私たちのプロジェクトは非常に大規模で拡張性が高いため、時間の制限により少なくとも 5 つのアイデアを実現することはできません。

• 1.B 2 番目の別個の (ただし補完的な) ソフトウェア ツール プロジェクトを提供します。

3 番目のモジュール SegmMan には、相補的な設計および合成手法である OLS チップ合成 (リンク) があり、Genovo はシンセサイザーとチップの両方に互換性があります。

• 2 ソフトウェアのデモンストレーションを、Wiki で利用できるテキストまたはビデオ チュートリアルとして提供します。

テキストチュートリアル

金メダル

• 1 あなたのチームが開発したソフトウェアを別のチームに利用してもらいます。ソフトウェアがどのように使用され、得られた結果を明確に示す必要があります。

• ソフトウェア チーム Shenzhen_BGIC_ATCG が 2 番目のモジュールを使用して遺伝子を設計します。

• SC2.0 プロジェクトでは、chrVII のセグメンテーションで SegmMan モジュールも試しています。

• 2 .A あなたのソフトウェアが合成生物学における人間の実践にどのような影響を与えるかを概説し、詳細に説明します。

共有：

• 公衆が使用できるWebベースのサーバー
• ソフトウェアの評価と Biostudio との比較。
• 地域ワークショップ

革新：

• コアリーダーであるパトリック・イージ・カイ博士にインタビューし、Genovo の設計とアプリケーションについて語ります。

広告：

• 私たちはBGIの人たちにチームシャツを売ろうとしました。

• 2 .B ソフトウェアのドキュメントで SBOL を使用します。

最初のモジュールの出力の 1 つとして SBOL を使用して、新しく作成された経路内の遺伝子を記述します。

• 3.A.次のいずれかをサポートする新しい技術標準を開発して文書化します。

BioBrick 部品またはデバイスの設計:

• 染色体設計基準
• 設計運用基準

BioBrick パーツまたはデバイスの構築:

• 組立戦略標準