elephant server
v0.6.0
| 開発者 | 菅原航 |
| フォーラム | Image.sc フォーラム フィードバックや質問をフォーラムに投稿してください。 すぐに連絡できるように、投稿に elephantのタグを追加することが重要です。 |
| ソースコード | GitHub |
| 出版物 | Sugawara, K.、Cevrim, C.、Averof, M.インクリメンタルディープラーニングによる 3D での細胞系統の追跡。 eLife 2022.doi:10.7554/eLife.69380 |
ELEPHANT は、インクリメンタルでインタラクティブな深層学習に基づいた 3D 細胞追跡用のプラットフォームです。
クライアントサーバーアーキテクチャで動作します。サーバーは、深層学習ベースのアルゴリズムを提供する Web アプリケーションとして構築されています。
このリポジトリは、ELEPHANT サーバーの実装を提供します。 ELEPHANT クライアントはここにあります。
詳細についてはドキュメントを参照してください。
ELEPHANT サーバーをセットアップするには 3 つのオプションがあります。
Docker を使用したセットアップ
このオプションは、root 権限を持つサーバー要件 (Docker) を満たす強力なコンピューターをお持ちの場合にお勧めします。
Singularity を使用したセットアップ
このオプションは、サーバー要件 (Singularity) を満たす強力なコンピューターに非 root ユーザー (HPC クラスターなど) としてアクセスできる場合にお勧めします。
Google Colab を使用したセットアップ
あるいは、Google Research から無料で入手できる製品である Google Colab を使用して ELEPHANT サーバーをセットアップすることもできます。このオプションでは、ELEPHANT のディープ ラーニング機能の使用を開始するためにハイエンド GPU や Linux マシンは必要ありません。
各オプションの詳細な手順はドキュメントに記載されています。
eLife に関する私たちの論文を引用してください。
@article { Sugawara2022 ,
author = { Sugawara, Ko and {c{C}}evrim, {c{C}}a?r? and Averof, Michalis } ,
title = { Tracking cell lineages in 3D by incremental deep learning } ,
year = { 2022 } ,
doi = { 10.7554/eLife.69380 } ,
abstract = {Deep learning is emerging as a powerful approach for bioimage analysis. Its use in cell tracking is limited by the scarcity of annotated data for the training of deep-learning models. Moreover, annotation, training, prediction, and proofreading currently lack a unified user interface. We present ELEPHANT, an interactive platform for 3D cell tracking that addresses these challenges by taking an incremental approach to deep learning. ELEPHANT provides an interface that seamlessly integrates cell track annotation, deep learning, prediction, and proofreading. This enables users to implement cycles of incremental learning starting from a few annotated nuclei. Successive prediction-validation cycles enrich the training data, leading to rapid improvements in tracking performance. We test the software's performance against state-of-the-art methods and track lineages spanning the entire course of leg regeneration in a crustacean over 1 week (504 time-points). ELEPHANT yields accurate, fully-validated cell lineages with a modest investment in time and effort.},
URL = { https://doi.org/10.7554/eLife.69380 } ,
journal = { eLife }
}BSD-2 条項
