congas

scRNA シークエンシングからのコピー数ジェノタイピング

scRNA-seq データから CNA を推測するための Pyro モデルと関数のセット。これには、インターフェイスとして機能し、前処理、シミュレーション、視覚化ルーチンを提供するコンパニオン R パッケージが付属しています。 R パッケージは主に計算のバックエンドとして機能するため、R パッケージを直接使用することをお勧めします。

現在提供しているもの:

• CNV が LogNormal 確率変数としてモデル化されるセグメント上の混合モデル (MixtureGaussian)

• CNV がカテゴリ確率変数としてモデル化されるセグメントの混合モデル (MixtureCategorical)

• CNV が再びカテゴリカルであるが、クラスタリングがない単純な Hmm (SimpleHmm)

インストールするには:

$ pip install congas-old

サンプルデータに対して簡単な分析を実行するには

import congas as cnfrom congas.models import MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams, loss = cn.run_analysis(data_dict,MixtureGaussian,steps=200, lr=0.05)