RCSB Saguaro 1D Feature Viewer は、Web 上でタンパク質およびゲノム配列の注釈を表示するために使用されるオープンソースの TypeScript ライブラリです。このプロジェクトは RCSB PDB で開発および維持されており、現在その Web サイトでタンパク質の機能を表示するために使用されています。このパッケージには、複数のタイプのデータ表示と、フィーチャの視覚化をカスタマイズするための豊富なオプション セットが用意されています。
rcsb-saguaro を使用する場合は、次を引用してください。
ジョーン・セグラ、ヤナ・ローズ、ジョン・ウェストブルック、スティーブン・K・バーリー、ホセ・M・ドゥアルテ。 RCSB Protein Data Bank 1D ツールとサービス、バイオインフォマティクス、2020; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1012
npm install @rcsb/rcsb-saguaro
さまざまなテスト例がsrc/examplesフォルダーにあります。
git clone [email protected]:rcsb/rcsb-saguaro.gitcd rcsb-saguaronpm installnpm run devServer次の場所に移動します:
http://localhost:9000/MultipleTracks.htmlhttp://localhost:9000/MultipleAlignment.html
TypeScript の完全なクラスのドキュメントはここにあります。
RCSB Saguaro を使用してタンパク質のアノテーションを視覚化することだけに興味がある場合、これらは最も重要な要素です。
主な機能ビューア ボード オブジェクトの構成は、座標範囲、トラックとタイトルの幅、および軸表示を定義します。属性の完全なセットは RcsbFvBoardConfigInterface インターフェイスで定義されます。
メインボード構成のプロパティは次のとおりです。
const boardConfig = {
range : {
min : 20 ,
max : 110
} ,
trackWidth : 940 ,
rowTitleWidth : 260 ,
includeAxis : true
} ; 行構成オブジェクトは、フィーチャー ビューアーの行の形式と内容を定義します。ボード行構成属性の完全なセットは、RcsbFvRowConfigInterface で定義されます。
メイン行構成プロパティは次のとおりです。
const sequence = "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQ" +
"EEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLAA" +
"RTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQHKLRKLNPPDESGPGCMS" const sequenceTrack = {
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "sequence" ,
rowTitle : "SEQUENCE" ,
trackData : [ {
begin : 1 ,
label : sequence
} ]
} const blockTrack = {
trackId : "blockTrack" ,
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "block" ,
displayColor : "#FF0000" ,
rowTitle : "BLOCK" ,
trackData : [ {
begin : 30 ,
end : 60 ,
gaps : [ {
begin : 40 ,
end : 50
} ]
} , {
begin : 80 ,
end : 90 ,
openEnd : true
} ]
} const pfv = new RcsbFv . Create ( {
boardConfigData : boardConfig ,
rowConfigData : [ sequenceTrack , blockTrack ] ,
elementId : "htmlElementId"
} ) ;この拡張された例をオンラインでここで参照してください
サンプルの完全なコレクションは CODEPEN で編集および変更できます。
また、RCSB PDB および UniProtKB アノテーションの事前構成された 1D タンパク質機能ビューを構築するためのライブラリ (rcsb-saguaro-app) も提供します。
すべての貢献を歓迎します。プルリクエストを作成するか、問題を開いてください。
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