taxtree
1.0.0
分類データベースは、公開配列データベース内のすべての生物の厳選された分類と命名法です。これは現在、記載されている地球上の生命種の約 10% に相当します。 NCBI 分類データベースの公式アドレスは https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy で、公開データのダウンロード アドレスは https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/ です。 taxtree 、 names.dmpおよびNodes.dmpを処理し、分類群の階層に基づいて単純な進化ツリーを描画することにより、分類データベースに基づいて分類単位 (分類群) の系統トポロジーを生成するために使用されます。 taxtree関数の実装はtidyverseとggtreeに依存します。現在、 taxtree分類データベースから768,430 の分類群を使用して系統樹のトポロジーを構築できます。
| ランク | 上位分類群 | 属 | 種 | 下位分類群 | 合計 |
|---|---|---|---|---|---|
| 古細菌 | 610 | 264 | 878 | 0 | 1,752 |
| 細菌 | 5,897 | 5,005 | 24,761 | 952 | 36,615 |
| 真核生物 | 67,028 | 98,600 | 515,880 | 36,640 | 718,148 |
| 菌類 | 6,009 | 7,437 | 55,840 | 1,571 | 70,857 |
| 後生動物 | 48,564 | 70,320 | 270,261 | 18,292 | 407,437 |
| ウイルス | 2,064 | 2,587 | 7,180 | 65 | 11,896 |
| 細菌 | 5,897 | 5,005 | 24,761 | 952 | 36,615 |
| すべての分類群 | 75,630 | 106,458 | 548,685 | 37,657 | 768,430 |
インストールする前に、 BiocManagerによってtaxtree依存関係パッケージggtreeダウンロードする必要があります。
if (!require("BiocManager"))
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
if (!require("ggtree"))
BiocManager::install("ggtree") GitHub から R パッケージをインストールするために使用されるdevtoolsインストールします。
if (!require("devtools"))
install.packages("devtools")上記の手順を完了したら、インストールを開始します。
devtools::install_github("nongxinshengxin/taxtree")taxtree 6 つのコア機能があります。
make_Taxtree()明確な分類群名 (界門綱目科属種またはその他の分類ノード) がある場合、この関数を使用して分類群名のリストから分類トポロジを構築できます。
find_Lineage()明示的な分類名によって、その分類番号に属するすべての分類系統が検索されます。
name2rank()いくつかの明確な分類群名 (界門綱目科属種またはその他の分類ノード) がある場合、この関数を使用して、分類群の名前に基づいて分類ランク名 (および分類 ID) を取得できます。
name2rank_str()いくつかの明確な分類群名 (界門綱目科属種またはその他の分類ノード) がある場合、この関数を使用して、分類群の名前に基づいて分類ランク名 (および分類 ID) を取得できます。この関数には、単一の文字列、または複数の文字列を含むベクトルを入力できます。
Lot_taxTree() ggtreeパッケージに基づいて単純な分類ツリーを描画します。
write_taxTree()この関数は、 apeパッケージに基づいて、Newick 形式を使用して括弧内の形式でツリーをファイルに書き込みます。
OTU に基づいた種のアノテーション。make_Taxtree() 関数を使用して、アノテーションから取得した分類群の名前に基づいて系統トポロジーを構築できます。
分類学的研究を実施します。霊長目における人類の近縁種について興味がありますか? find_Lineage("Primates") は、答えを与える 1 行のコマンドです。
境界門目科属種、分類が複雑すぎます。 name2rank()、name2rank_str()、分類群の名前を指定するだけで、その分類ランクがわかります。
スーパーリンケージ。 taxtree Taxonomy データベースに基づいており、 TaxonKit ソフトウェアにリンクできます。また、taxtree は、R に系統樹を保存するために一般的に使用される S3 系統クラスを生成します。系統樹は、 ggtreeパッケージを使用して簡単に詳細に装飾できます。ツリーは、write_taxTree() を介して出力することもでき、 itol.toolkit パッケージと組み合わせて iTOL で装飾することもできます。
ハドリー・ウィッカム。 https://github.com/tidyverse/tidyverse
G ユ、DK スミス、H ジュー、Y グアン、TTY ラム (2017)。 ggtree: 共変量やその他の関連データを含む系統樹の視覚化と注釈付けのための R パッケージ。生態学と進化における方法、8(1):28-36。 https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628
英語のドキュメントは、https://github.com/nongxinshengxin/taxtree から入手できます。
中国語のドキュメントは、微信公众号农心生信工作室で入手できます。
taxtreeを使用する場合は、参照を使用して引用してください: https://github.com/nongxinshengxin/taxtree
電子メール: [email protected]
Wechat公式アカウント：
