straw

Straw: .hic ファイルからデータを高速にストリーミングします。

Straw は、.hic ファイルからの連絡先データの高速ストリーミングを可能にするライブラリです。このリポジトリには、C++、R、Python、MATLAB バージョンの Straw のソース コードが含まれています。

• Java バージョンについては、https://github.com/aidenlab/java-straw/ を参照してください。
• Javascript のバージョンについては、https://github.com/igvteam/hic-straw/ を参照してください。

Python には 2 つのバージョンがあります。1 つは純粋な Python フレーバー、もう 1 つは C++ コードを pybind11 でラップしたものです。以前のバージョンは非推奨となり、より高速な pybind11 バージョンの使用が優先されました。

• アーカイブの目的で、純粋な Python バージョンは https://github.com/aidenlab/pystraw に移動されました。

ストローを使用する Jupyter ノートブックの例は、ここにあります: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

Python 用のストローをインストールする

pip install hic-straw使用します。ソース コードからビルドする場合は、pybind11 がインストールされている必要があります。ライブラリのcdを作成し、 straw/ディレクトリに移動します。次に、 pip install ./pybind11_python 。

C++ 用にストローをコンパイルする

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

cURL がインストールされている必要があります。詳細については wiki を参照してください。

ご質問はGoogleグループをご利用ください。

進行中の開発作業は Muhammad S. Shamim によって行われています。過去の寄稿者には、Neva C. Durand やその他多くの者が含まれます。

仕事でこのツールを使用する場合は、引用してください

ネヴァ・C・デュランド、ジェームズ・T・ロビンソン、ムハマド・S・シャミム、イド・マチョル、ジル・P・メシロフ、エリック・S・ランダー、エレズ・リーバーマン・エイデン。 「Juicebox は、無制限のズーム機能を備えた Hi-C コンタクト マップの視覚化システムを提供します。」細胞システム 3(1)、2016 年。