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その他のソースコード

2024-10-25 Release

ダウンロード

生物医学研究のためのオントロジー

Ontology for Biomedical Investigations (OBI) は、アッセイ、デバイス、目的などに関する 2500 以上の用語を定義することで、科学的調査について明確に伝えるのに役立ちます。

これは OBI の開発者リポジトリです。ここから最新の OBI 製品をダウンロードし、ドキュメントを通じて OBI について詳しく学ぶことができます。

編集

私たちのオントロジー用語は 3 つのグループに分かれています。編集または追加する用語の種類に応じて、異なるルートをたどる必要があります。

外部条件 (他のオントロジーから): インポートには OntoFox を使用します。対応するsrc/ontology/OntoFox_inputs/ファイルを編集します。
テンプレート用語: ROBOT テンプレートを使用してスプレッドシートを OWL に変換します。関連するsrc/ontology/templates/ファイルを編集します。
- 廃止された用語についてはobsolete.tsv
- 一般アッセイ用のassays.tsv
- 免疫エピトープアッセイ専用のepitope-assays.tsv
- value-specifications.tsv
- 標本用のspecimens.tsv
- 病歴分類および関連する選択基準については、 medical-history.tsv
- 研究デザイン用のstudy-designs.tsv
- データセットの場合はdata-sets.tsv
その他の用語: Protege でsrc/ontology/obi-edit.owlを編集します。

ファイルの完全なリスト、ビルド手順、OBI での Git および GitHub の使用手順については、以下を参照してください。

新しいオントロジーからのインポート

OBI に現在 OntoFox インポートファイル ( src/ontology/OntoFox_inputs/ ) がないオントロジーから用語をインポートする場合は、次の手順に従います。

新しいオントロジーのインポートファイルを作成します (参照用に既存のインポートファイルを参照)。
既存のインポートファイルのリストと同様に、 catalog-v001.xmlを更新して新しいインポートファイルをリストします。
import ステートメントをobi-edit.owlに追加します。
src/ontology/OntoFox_outputs/に出力モジュール用の空のファイルを作成します。たとえば、 foo.owl インポート用の偽の出力を作成します。

 touch src/ontology/OntoFox_outputs/foo_imports.owl

モジュールと obi.owl をビルドします。

 make imports
make obi.owl

Excel でのテンプレートの編集

テンプレートをコピーして貼り付けるのではなく、Excel でテンプレートを編集する場合は、このワークフローに従って引用を保持するようにお願いします。 Excel を行ったり来たりすると、テンプレート内の二重引用符が意図せず変更されてしまう可能性があります。

まず、Python の要件をインストールします。

 python3 -m pip install -r requirements.txt

次にExcelシートを作成します。ローカルの OBI git ディレクトリで次のコマンドを実行して、 obi.xlsxというファイルを作成します。

 make obi.xlsx

次に、Excel (または任意のエディター) でobi.xlsx開きます。このスプレッドシートには、各 OBI テンプレート (「研究設計」、「アッセイ」など) のタブが含まれています。編集する必要があるテンプレートに対応するタブを見つけて変更を加え、Excel スプレッドシートを同じ場所 ( obi.xlsx ) に保存します。最後に、次のコマンドを実行して、テンプレートの TSV バージョンを更新します。

 make update-tsv

これにより、 obi.xlsx内のタブが TSV に変換され、 src/ontology/templates/ディレクトリ内の既存の TSV が変更内容で上書きされます。変更内容 ( git diff ) を確認し、プルリクエストを作成します。

用語の検索

用語が存在する場所を見つけるには、 src/scripts/locate.py使用できます。

次に、スクリプトを実行して、スペース区切りのリストとして渡すことにより、ID またはラベルで用語を検索できます。次に例を示します。

 src/scripts/locate.py OBI:0000070 CHMO:0000087 GO:0000785

ラベルは二重引用符で囲む必要があります。

 src/scripts/locate.py "assay" "fluorescence microscopy" "chromatin"

ユーティリティスクリプトの編集

OBI リポジトリには、開発者がobi-edit.owlと OBI テンプレートの両方を効率的に編集するのに役立ついくつかの Python スクリプトが含まれています。これらのスクリプトには Python 3 が必要です。

また、スクリプトでは、最初に 2 つのデータベース (OBI 編集から 1 つと OBI のマージバージョンから 1 つ) を構築する必要があります。

 make obi-dbs

再ラベル付け用語

ラベルはテンプレートで使用されるため、用語の使用箇所をすべて手動で検索して置換するのは難しく、面倒な場合があります。代わりに、 src/scripts/relabel.py使用して、用語のラベルとその使用法を自動的に更新できます。

これを実行するには、更新したい用語と新しいラベルを渡します。

 src/scripts/relabel.py CHMO:0000087 "microscopy with fluorescence"

二重引用符で囲まれていれば、古いラベルを最初の引数として渡すこともできます。

 src/scripts/relabel.py "fluorescence microscopy" "microscopy with fluorescence"

すべての使用状況が確実に更新されるように、変更されたすべてのファイルを必ずコミットしてください。

ファイル

README.mdこの概要ドキュメント
obi.owl OBI の最新リリース
OBI を構築するためのMakefileスクリプト
OBI のviews/さまざまな専門ビュー
- obi.obo .oboファイル形式の OBI の最新リリース
- obi_core.owl OBI Core の最新リリース: ~100 の重要な用語
src/
- OBI のontology/ソースファイル
  - obi-edit.owlメイン OBI OWL ファイル
  - core.txt OBI コア用語のリスト
  - external-byhand.owl他のオントロジーからのいくつかのカスタムインポート
  - catalog-v001.xml OWLインポートオーバーライドのアーティナルリスト
  - OBI のさまざまなブランチのtemplates/ ROBOT テンプレートファイル
  - modules/ ROBOT テンプレートの結果
  - OntoFox_inputs/他のオントロジーからインポートするための OntoFox 設定ファイル
  - OntoFox_outputs/ OntoFox 結果ファイル
- sparql/ OBI を構築および検証するための SPARQL クエリ
- scripts/ユーティリティスクリプト
- views/ビューの構成

建物

Makefile OBI を構築するためのスクリプトが含まれています。 macOS または Linux では、 makeまたは以下の特定のタスクの 1 つを実行できるはずです。 Windows では、Docker や Vagrant などの何らかの Linux 仮想マシンの使用を検討してください。ほとんどの結果はbuild/ディレクトリにあります。問題がある場合は、James に連絡してください。

make testマージし、SPARQL テストを実行します (これは GitHub へのプッシュごとに実行されます)
make sort 、引用符と行末を修正する
make imports OntoFoxインポートを更新します
make modules ROBOT テンプレートを更新します
make obi.owlリリースファイルをビルドします。推論には10分ほどかかる場合があります
make views ROBOT テンプレートの更新
make all 、 imports 、 modules 、 test 、 obi.owl 、およびviewsを実行します。
make build/obi_merged.owl obi-edit.owlを 1 つのファイルにマージします。理由は考えません。
一時ファイルをmake clean

発達

OBI の開発には git と GitHub を使用します。どちらについても優れたドキュメントがたくさんあります。

ファイルとドキュメントを含む git Web サイト
GitHub のヘルプとフロー

初期設定

OBI を使用して開発を開始する前に、いくつかの初期設定を行う必要があります。

GitHub アカウントにサインアップする
Git コマンドラインツール、GitHub デスクトップアプリ、または選択した別の Git クライアントをインストールします。
自分の名前とメールアドレスを使用して Git を設定する
OBIリポジトリのクローンを作成する
macOS と Excel を使用している場合は、プリコミットフックをセットアップします (詳細については以下を参照)。
```
 ln -s ../../src/scripts/check-line-endings.sh .git/hooks/pre-commit
```

変更を加える

変更は、管理可能な部分で行う必要があります。たとえば、用語を 1 つ追加したり、関連する用語をいくつか編集したりするなどです。ほとんどの変更は、トラッカー上の 1 つの問題に対応する必要があります。

OBI リポジトリのmasterブランチのローカルコピーから開始します。ローカルコピーが最新であることを確認してください。新しいブランチで変更を加えます。新しい ID を管理するには、OBI Term ID 予約シートを使用してください。

準備ができたら、ブランチを OBI リポジトリにプッシュし、GitHub Web サイトでプルリクエスト (PR) を作成します。 PR は、ブランチをmasterにマージし直すリクエストです。あなたの PR はテストされ、議論され、必要に応じて調整され、その後統合されます。その後、あなたまたは他の開発者が行う次の変更に対してこのサイクルを繰り返すことができます。

これらは CLI コマンドを使用した手順です。 GUI アプリケーションを使用する場合も手順は同じです。

git fetchローカルコピーが最新であることを確認してください
git checkout master masterブランチでの開始
git checkout -b your-branch-name行っている変更に応じた名前の新しいブランチを作成します
変更を加える
よりクリーンな差分のために、ソートmake sort 、テーブルを正規化します。
git statusとgit diff変更を検査します
git add --update src/ src/ディレクトリ内のすべての更新されたファイルをステージングに追加します
git commit --message "Description, issue #123"ステージングされた変更をメッセージ付きでコミットします。発行番号を含めると良いでしょう
git push --set-upstream origin your-branch-nameコミットを GitHub にプッシュします
ブラウザで https://github.com/obi-ontology/obi を開き、「Make Pull Request」ボタンをクリックします。