RAPD
注意 - このプロジェクトは開発中であり、最先端のものです。コードは 2021 年 6 月に大幅に安定するはずです。
高分子結晶学的データのインデックス作成、戦略、統合、分析、および構造ソリューションを自動化するためのパッケージ。
現在、コマンドラインの機能を構築し、ソフトウェアに検出器を追加しています。
現在のコマンド:
- 分析 - MX データセットを分析し、pdbquery を実行します。
- get_cif - 4文字コードでPDBからCIFファイルを取得します
- get_pdb - 4文字コードでPDBからPDBファイルを取得します
- hdf5_to_cbf - HDF5 ファイルを CBF に変換します
- Index - MX データのインデックスを作成し、データ収集戦略を計算します。
- 統合 - MX データを統合する
- pdbquery - データを入力構造、一般的な汚染物質、または同様の単位セル パラメーターを持つ PDB 内の構造と比較します。
開発者コマンド:
- 生成 - 新しい RAPD テンプレート ファイルを作成します
- print_detector - 画像ファイル情報を印刷します
- python - 完全な RAPD インポートが利用可能な Python CLI
- test - RAPD プロジェクトのテスト ランナー
- version - 現在インストールされている RAPD バージョンを出力します。
- xds_to_dict - RAPD 検出器ファイルに含めるために、XDS.INP を Python dict に変換します。
現在サポートされているサイト ディテクタ (さらに多くのサイト ディテクタがサポートされる予定です):
APS
- aps_gmca_dectris_eiger16m
- lscat_dectris_eiger9m
- lscat_rayonix_mx300
- necat_dectris_eiger16m
- necat_dectris_pilatus6mf
- sercat_rayonix_mx300hs
カリフォルニア大学ロサンゼルス校
インストールとセットアップの手順については、install/README.md を参照してください。
