xyz2mol

xyz2mol が RDKit に実装されました

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

デカルト座標を 1 つ以上の分子グラフに変換します

.xyzファイルの形式でデカルト座標が与えられると、コードは 1 つ以上の分子グラフのリストを構築します。考えられる共鳴形式が複数ある場合、xyz2mol はすべてのリストを返します。それ以外の場合は 1 つのリストだけを返します。

このコードは DOI: 10.1002/bkcs.10334 の作業に基づいています。

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

設定

rdkit 、 numpy 、およびnetworkxに依存します。 anaconda/conda 経由でセットアップするのが最も簡単です:

conda install -c conda-forge xyz2mol

スタンドアロン環境のセットアップはMakefile経由で可能です。セットアップとテストを行うには、プロジェクトをクローンして make するだけです。

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

次に、 xyz2molフォルダーで次のコマンドを実行します。

 make
make test

networkx依存関係を使用せずにコードを実行することもできますが、速度が遅くなることに注意してください。

使用例

xyz ファイルを読み取り、SMILES を出力しますが、キラリティはインコードしません。

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

xyzファイルを読み込み、SDF形式で出力し、ファイルに保存

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

xyzファイルを有料で読み込み、SMILESをプリントアウト

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

依存関係:

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx