バイオパイソン
1.0.0
Biopython プロジェクトは、計算分子生物学用に無料で利用できる Python ツールの開発者の国際協会です。
この README ファイルは主に、http://biopython.org Web サイトからのリリース、または GitHub のリポジトリ https://github.com/biopython/biopython からのリリースのいずれかである Biopython ソース コードの操作に興味がある人々を対象としています。
ユーザー中心のドキュメントである Biopython チュートリアルとクックブック、および API ドキュメントは、Sphinx を使用してリポジトリから生成されます。
NEWS ファイルには、Biopython の各リリースでの変更点が要約されており、API の破損を示す非推奨ファイルも含まれています。
Biopython パッケージは、寛大な条件で利用できるオープン ソース ソフトウェアです。詳細については、LICENSE ファイルを参照してください。
科学出版物に貢献する仕事で Biopython を使用する場合は、当社のアプリケーション ノート (下記) またはモジュール固有の出版物のいずれか (当社 Web サイトにリストされています) を引用するようお願いします。
コック、PJA 他Biopython: 計算分子生物学およびバイオインフォマティクス用に無料で利用できる Python ツール。バイオインフォマティクス 2009 年 6 月 1 日。 25(11) 1422-3 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878
Python にはパッケージ管理システム「pip」が含まれており、これを使用すると、1 つのターミナル コマンドだけで Biopython (および必要に応じてその依存関係 NumPy) のインストール、アップグレード、またはアンインストールが可能になります。
pip インストール biopython pip install --upgrade biopython pip アンインストール biopython
Biopython 1.70 以降、Linux、macOS、Windows 用の PyPI でコンパイル済みのバイナリ ホイール パッケージを提供してきました。これは、pip install が迅速であり、コンパイラーを必要としないことを意味します。
開発者または潜在的な貢献者は、Biopython を自分でダウンロード、構築、インストールしたいと思うかもしれません。これについては以下で説明します。
現在、http://www.python.org の Python 3.11 を使用することをお勧めします。
Biopython は現在、次の Python 実装でサポートされ、テストされています。
Biopython には NumPy (http://www.numpy.org を参照) が必要です。これは、pip を使用して Biopython をインストールすると自動的にインストールされます (Biopython を自分でコンパイルする方法については、以下を参照してください)。
Biopython のどの部分を使用する予定であるかに応じて、他にもオプションの Python 依存関係が多数あり、必要に応じて後でインストールできます。
Bio.Graphicsでのみ使用されるため、この機能が必要ない場合は、このパッケージをインストールする必要はありません。Bio.Phyloこのパッケージを使用して系統樹をプロットします。Bio.Phyloの特定のニッチな機能に使用されます。Bio.Phyloの CDAO パーサーで使用されます。BioSQLによって使用されます。BioSQLが MySQL データベースにアクセスするために使用し、PyPy でもサポートされています。BioSQLが MySQL データベースにアクセスするために使用します。 PyPyでサポートされています。さらに、スタンドアロンの NCBI BLAST、EMBOSS、ClustalW など、インストールできる便利なサードパーティ ツールが多数あります。
以下を使用して、PyPI で利用可能なコンパイル済みのバイナリ ホイールを使用することをお勧めします。
pip インストール biopython
ただし、Biopython を自分でコンパイルする必要がある場合は、コンパイル時に以下が必要です。
python.hなどの開発ヘッダー ファイルを含む Python。Linux ではデフォルトではインストールされないことがよくあります ( pythonパッケージだけでなくpython-devまたはpython-develという名前のパッケージを探してインストールしてみてください)。
Python のバージョンに適切な C コンパイラ (Linux 上の GCC、Windows 上の MSVC など)。 Mac OS X、または現在のブランド名である macOS の場合は、ターミナル コマンドでインストールできる Apple のコマンド ライン ツールを使用します。
xcode-select --install
これにより、Apple の XCode 開発スイートのインストールが提案されます。インストールすることもできますが、これは必要なく、多くのディスク領域を必要とします。
次に、ソース コードをダウンロードして解凍するか、git を使用して取得します。次に、ディレクトリを Biopython ソース コード フォルダーに変更して、次を実行します。
pip install -e 。 Pythonのsetup.pyテスト sudo python setup.py インストール
必要に応じて、 python特定のバージョン ( python3 、 pypy3など) に置き換えます。
インターネット接続を必要とする (長時間かかる可能性がある) テストを除外するには、 --offlineオプションを使用します。
Python setup.py テスト --オフライン
追加の構成を行う必要がある場合 (インストール ディレクトリのプレフィックスを変更するなど)、 python setup.pyと入力してください。
Biopython には、すべてが正しく実行されているかどうかを確認する一連の回帰テストが含まれています。テストを実行するには、biopython ソース コード ディレクトリに移動し、次のように入力します。
pip install -e 。 Pythonのsetup.pyテスト
オンライン テストをスキップする場合 (繰り返しテストを行う場合に推奨)、次を使用します。
Python setup.py テスト --オフライン
スキップされたテストを警告するメッセージが表示されてもパニックにならないでください。
test_DocSQL ...スキップしています。 Bio.DocSQL を使用する場合は、MySQLdb をインストールします。
これはおそらく、パッケージがインストールされていないことを意味します。使用する予定のないモジュールのテストでこれが発生した場合は、無視してかまいません。そのモジュールを使用したい場合は、必要な依存関係をインストールし、テストを再実行してください。
一部のテストはネットワークの問題により失敗する可能性がありますが、多くの場合、これは偶然またはサービスの停止によるものです。テストを再実行しても問題が解決しない場合は、 --offlineオプションを使用できます。
Biopython チュートリアルとクックブックには、さらに多くのテスト情報があります。
Biopython 1.61 では、新しい警告Bio.BiopythonExperimentalWarningが導入されました。これは、安定した Biopython リリースに含まれる実験コードをマークするために使用されます。このような「ベータ」レベルのコードは広範なテストに対応できますが、まだ変更される可能性が高いため、biopython-dev メーリング リストを通じてフィードバックを提供するために早期採用者のみが試行する必要があります。
このような実験的なコードは 1 ～ 2 回のリリースで安定した状態に達すると予想され、その時点で下位互換性を維持するための通常のポリシーが適用されます。
私たちは堅牢なパッケージを出荷しようと努めていますが、バグは避けられません。 Biopython のバグが原因である可能性のある問題が発生している場合は、そのバグがすでに特定されている可能性があります。最新リリースをまだ使用していない場合は、最新リリースに更新して、再試行してください。問題が解決しない場合は、バグ データベースとメーリング リストを検索して、すでに報告されているかどうか (できれば修正されているかどうか) を確認し、報告されていない場合はバグを報告してください。私たちが知らない問題を解決することはできません ;)
問題トラッカー: https://github.com/biopython/biopython/issues
問題がパーサー内にあると思われる場合は、データ形式が変更され、解析コードが壊れている可能性があります。 (テキスト BLAST および GenBank 形式は特に脆弱であるようです。) したがって、Biopython の解析コードは、Biopython リリースを構築するよりも早く更新されることがあります。関連ファイル (例: Bio.SeqIOまたはBio.Blast内のファイル) を git リポジトリからプルすることで、最新のパーサーを取得できます。ただし、github のコードはリリースされたコードほど十分にテストされておらず、新しい依存関係が含まれている可能性があるため、これを行う場合は注意してください。
バグレポートの場合は、次のことをお知らせください。
また、理想的には次のようになります。
Biopython は、さまざまな背景を持つ世界中のボランティアによって運営されています。私たちは、コード開発、Web サイト管理、ドキュメント作成、技術管理、その他思いつくものを手伝うことに興味のある人を常に探しています。
貢献したい場合は、まずここで CONTRIBUTING.rst を読み、Web サイト http://biopython.org にアクセスして、メーリング リスト http://biopython.org/wiki/Mailing_lists に参加してください。
README.rst -- このファイル。NEWS.rst -- リリースノートとニュース。LICENSE.rst -- コードで何ができるか。CONTRIB.rst -- 何らかの形で Biopython を支援した人々の (不完全な) リスト。CONTRIBUTING.rst -- Biopython に貢献する方法の概要。DEPRECATED.rst -- 削除された、または使用が推奨されなくなった Biopython のモジュールに関する情報と、それらのモジュールを使用するコードを更新する方法が含まれています。MANIFEST.in -- リリースに含めるファイルを構成します。setup.py -- インストール ファイル。Bio/ -- メインのコード ベース コード。BioSQL/ -- BioSQL データベースで Biopython を使用するためのコード。Doc/ -- ドキュメント。Scripts/ -- その他、役立つ可能性のあるスタンドアロン スクリプト。Tests/ -- サンプル データ ファイルを含む回帰テスト コード。
