DL4Proteins notebooks
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DL4プロテインへようこそ!
DL4Proteins ノートブック シリーズの目標は、タンパク質の設計と予測のためのディープ ラーニングを民主化し、科学の変革の瞬間に到達することです。 2024 年のノーベル化学賞は、計算によるタンパク質設計と構造予測の画期的な功績によりデビッド ベイカー氏、デミス ハサビス氏、ジョン ジャンパー氏に授与されたため、このリソースは、この革命を形作ったまさにツールと方法論へのアクセスしやすく実践的な紹介を提供します。基本的な機械学習原理と、AlphaFold、RFDiffusion、ProteinMPNN などの最先端のアプローチを融合することで、DL4Proteins は研究者、教育者、学生にタンパク質工学の将来に貢献する知識を提供します。これらのオープンソース ノートブックは、最先端の研究と教室での学習の間のギャップを埋め、合成生物学と治療法の新世代の革新者を育成します。
以下の Jupyter ノートブックは、タンパク質設計空間で現在使用されている基本的な機械学習の概念とモデルを紹介します。ノートブックは Google Colaboratory で実行できます。
**図と質問を正しくレンダリングするには、colab ノートブックをライト モードに設定してください。
問題がある場合は、[問題]タブに入力してください。これは生きたリポジトリです。フィードバックを積極的に取り入れています。
著者: マイケル F. チュンヨン、スリーヴァルシャ プバダ、ガブリエル オー、コートニー トーマス、ブリトニー J. カーペンティア、ジェフリー J. グレイ
謝辞: Sergey Lyskov、Sergey Ovchinnikov、ジョンズ ホプキンスの 2023 年 540.614/414 タンパク質構造予測コースの学生、およびジョンズ ホプキンス教育の卓越性とイノベーション センター - 指導強化助成金。
引用と追加リソース: このリポジトリの各ノートブックは、著名なオンライン ツール、教育リソース、出版物、オープンソース リポジトリなどのさまざまな最先端のリソースからインスピレーションと方法論を引き出しています。主なリソースには、ハリソン キンズレー、アンドレイ カルパシー、ペタル ヴェリチコヴィッチによる YouTube シリーズなどがあります。これらはそれぞれのノートブック内で引用されており、より深い洞察を得るためにこれらの基礎的な研究を探索することをお勧めします。
