baad
veau2002, dictionary
バイオマスおよびアロメトリー データベース (BAAD) には、世界中の木本植物の建設に関するデータが含まれています。これらのデータは、170 を超える出版済みおよび未発表の科学研究から収集されたもので、そのほとんどはこれまでパブリック ドメインでは利用できませんでした。これらのデータを利用できるようにすることで、植物の成長、生態系の動態、世界の木本植生における炭素循環を理解する能力が向上することを願っています。データセットについては、出版物で詳しく説明されています。
ファルスター、DS、RA ドゥウルスマ、MI 石原、DR バルネシュ、RG フィッツジョン、A ヴァルハンマル、M アイバ、M 安藤、N アンテン、MJ アスピンウォール、JL バルツァー、C バラロト、M バタグリア、JJ バトルズ、B ボンド-ランバーティ、M ヴァンブリューゲル、J カマック、Y クラヴォー、L コル、M ダンノウラ、S デラグランジュ、JC ドメック、Fファテミ、W・フェン、V・ガルガリオーネ、Y・後藤、A・萩原、J・S・ホール、S・ハミルトン、D・ハルジャ、T・火浦、R・ホールドアウェイ、LS・ハトリー、T・イチエ、E・J・ジョケラ、A・カントラ、J・W・G・ケリー、T・ケンゾー、D・キング、BD クロッペル、T 神山、A 小宮山、JP ラクラウ、CH ラスク、DA マグワイア、G ルメール、Aマケラ、L マルケステイン、J マーシャル、K マッカロー、I 宮田、K モカニ、S 森、RW ミスター、M 長野、SL ナイドゥ、Y ヌーベロン、AP オグラディ、KL オハラ、T 大塚、N 長田、OO オソンコヤ、PL ペリ、AM ペトリタン、L プーター、A ポーツマス、C ポトヴィン、J ランシン、Dリード、SC リベイロ、SD ロバーツ、R ロドリゲス、A サルダーニャ アコスタ、I サンタ レジーナ、K ササ、NG セラヤ、SC シレット、F ステルク、K 高木、T 丹下、H 田野内、D ティッシュ、T 梅原、H 宇津木、MA ヴァデボンクール、F バリダレス、P ヴァニネン、JR ワン、E ウェンク、R ウィリアムズ、F デ アキノXimenes、A 山葉、T 山田、T 山倉、RD 柳井、および RA York (2015) BAAD: 木本植物のバイオマスおよびアロメトリー データベース。エコロジー96 :1445–1445。 10.1890/14-1889.1
出版時点で、BAAD には、674 種にわたる 20,950 人の個体から、175 の異なる研究で収集された 258,526 件の測定値が含まれていました。 BAAD に貢献した個々の研究の詳細は、これらのオンライン レポートで入手できます。
BAAD のデータは、クリエイティブ コモンズ ゼロのパブリック ドメイン権利放棄に基づいて公開されているため、制限なく再利用できます。データベースの構築に費やされた作業を認識するために、上記の論文を引用していただくか、個々の研究のうち 1 つまたは少数のデータのみを使用する場合は、希望に応じて元の論文を引用していただくようお願いいたします。
BAAD 内のデータにアクセスするには 2 つのオプションがあります。
データベースのコンパイル済みバージョンは、次のいずれかからダウンロードできます。
Rの baad.data パッケージ。データベースには次の要素が含まれています
data : dictionaryで定義された列を含む結合されたデータセット (テーブル)dictionary : 変数定義のテーブルmetadata : データの収集に使用された方法について書かれた情報を含む、列「studyName」、「Topic」、「Description」を含むテーブルmethods : データと同様に列を持つテーブルですが、データの収集に使用されるメソッドのコードが含まれています。コードについては、config/methodsDefinitions.csv を参照してください。references : 各研究の一次情報源を含む概要表と bibtex エントリの両方としてcontacts : 各研究の連絡先情報と所属を示すテーブル これらの要素は、上記のリンクの両方で一連の CSV ファイルとテキスト ファイルとして入手できます。 R使用している場合、データにアクセスする最良の方法はパッケージ baad.data を経由することです。パッケージをインストールした後 (手順はこちら)、ユーザーは次を実行できます。
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )Ecological Archives に保存されているバージョンをダウンロードするか、
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )以前のバージョンまたはより新しいバージョンをダウンロードします (バージョン番号はセマンティック バージョン管理ガイドラインに従います。baad.data パッケージはすべてをキャッシュするため、セッション間であっても後続の呼び出しは非常に高速です。これにより、依存しやすくなり、再現性が向上します。特定の分析に使用されるバージョンを指定し、異なる分析で異なるバージョンのデータベースを使用できるようにします。
さまざまなバージョンとバージョン間の変更の詳細については、github リリース ページと CHANGELOG で参照できます。
BAAD は生きたデータベースになるように設計されており、データを追加するたびに定期的にリリースされる予定です。これらの更新は、このリソースのバージョン番号の変更に対応し、データベースの各バージョンは github および baad.data パッケージ経由で入手可能になります。出版された分析にこのリソースを使用する場合は、出版物のバージョン番号に注意してください。これにより、将来誰でも過去に戻って、あなたが使用したのとまったく同じバージョンのデータを見つけることができるようになります。
BAAD は、R のスクリプト化されたワークフローを使用してソース (生データ ファイル) から再構築できます。ベース R を超えて BAAD を構築するには、パッケージ「リメイク」が必要です。リメイクをインストールするには、R 内から次を実行します。
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
他の多くのパッケージも必要です ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite )。これらは、 install.packages使用して R 内にインストールすることも、リメイク (下記の手順) を使用してより簡単にインストールすることもできます。
その後、リメイクを使用してデータベースを再構築できます。
まず、Ecological Archives または github から zip ファイルとして、または baad リポジトリのクローンを作成して、コードと生データをダウンロードします。
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
次に、R を開き、ダウンロードしたフォルダーを作業ディレクトリとして設定します。それから、
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
データセットのコピーは、 rds (R の圧縮データ) および csv ファイルの両方としてexportフォルダーに保存されています。
生成された適切なコミットをチェックアウトするか、「リリース」タブの下にあるリンクを使用することで、BAAD の任意のバージョンを再現できます。たとえば、Ecology の論文と Ecology に提出された原稿に対応するデータベースの v1.0.0 を再現するには、次のようにします。
git checkout v1.0.0
次にR実行で
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
BAAD へのさらなる貢献を歓迎します。
データを提供したい場合の要件は次のとおりです。
貢献を準備して提出する方法については、こちらの手順を参照してください。
十分な追加データが提供されたら、最初のデータ ペーパーの更新版を提出し、最初のデータ ペーパー以降に貢献した人を共著者として招待する予定です。
データをご提供いただきました皆様に心より感謝申し上げます。また、データ編集をサポートしていただいた以下の資金源にも感謝いたします。 DS Falster、A. Vårhammer、DR Barneche は、Falster への ARC ディスカバリー助成金 (DP110102086) と RA Duursma への UWS スタートアップ助成金に雇用されました。 RG FitzJohn は、科学産業基金 (RP04-174) によって支援されました。 MI 石原は、環境省環境研究技術開発費(S-9-3)の支援を受けました。
